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- PDB-2n3k: Human Brd4 ET domain in complex with MLV Integrase C-term -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n3k
タイトルHuman Brd4 ET domain in complex with MLV Integrase C-term
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • MLV integrase
キーワードPROTEIN BINDING / Brd4 ET / MLV Integrase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell late endosome membrane / virion assembly / RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome ...host cell late endosome membrane / virion assembly / RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / p53 binding / chromosome / viral nucleocapsid / regulation of inflammatory response / DNA recombination / histone binding / Potential therapeutics for SARS / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / DNA-directed DNA polymerase activity / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / host cell plasma membrane / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #220 / Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #220 / Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 4 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Crowe, B.L. / Foster, M.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure of the Brd4 ET domain bound to a C-terminal motif from gamma-retroviral integrases reveals a conserved mechanism of interaction.
著者: Crowe, B.L. / Larue, R.C. / Yuan, C. / Hess, S. / Kvaratskhelia, M. / Foster, M.P.
履歴
登録2015年6月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: MLV integrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1512
ポリマ－12,1512
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7150 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 9993.413 Da / 分子数: 1 / 断片: Brd4 ET domain (UNP residues 600-678) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pEX-N-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質・ペプチド MLV integrase


分子量: 2157.545 Da / 分子数: 1
断片: MLV integrase C-terminal EBM (UNP residues 1719-1735)
由来タイプ: 合成
由来: (合成) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q8UN00

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1142D 1H-15N HSQC
1232D 1H-15N HSQC
1312D 1H-15N HSQC
1412D 1H-13C HSQC aliphatic
1522D 1H-13C HSQC aliphatic
1651D 13C,15N-filtered WATERGATE 1H
1711D 13C,15N-filtered WATERGATE 1H
1813D HNCO
1913D HNCA
11013D HN(CA)CB
11113D CBCA(CO)NH
11213D HBHA(CO)NH
11313D (H)CCH-TOCSY
11413D CC(CO)NH-TOCSY
11512D 13C,15N-filtered 1H-1H COSY
11612D 13C,15N-filtered 1H-1H TOCSY
11712D 13C,15N-filtered 1H-1H NOESY
11822D 13C,15N-filtered 1H-1H COSY
11922D 13C,15N-filtered 1H-1H TOCSY
12022D 13C,15N-filtered 1H-1H NOESY
12113D 1H-15N NOESY
12213D 1H-13C NOESY aliphatic
12323D 1H-13C NOESY aliphatic
12413D 13C,15N-filtered(f1) 1H-15N(f2) NOESY
12523D 13C,15N-filtered(f1) 1H-13C(f2) NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4-0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Brd4 ET, 0.4-0.8 mM MLV IN EBM, 20 mM [U-2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.002 v/v sodium azide, 0.5 mM DSS, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4-0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Brd4 ET, 0.4-0.8 mM MLV IN EBM, 20 mM [U-2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.002 v/v sodium azide, 0.5 mM DSS, 2 mM [U-2H] DTT, 100% D2O100% D2O
30.4-0.8 mM [U-99% 15N] Brd4 ET, 0.4-0.8 mM MLV IN EBM, 20 mM [U-2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.002 v/v sodium azide, 0.5 mM DSS, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.4-0.8 mM [U-99% 15N] Brd4 ET, 20 mM [U-2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.002 v/v sodium azide, 0.5 mM DSS, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
51 mM MLV IN EBM, 0.5 mM DSS, 0.002 v/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMBrd4 ET-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.4-0.81
mMMLV IN EBM-20.4-0.81
20 mMTRIS-3[U-2H]1
100 mMsodium chloride-41
0.002 v/vsodium azide-51
0.5 mMDSS-61
2 mMDTT-7[U-2H]1
mMBrd4 ET-8[U-99% 13C; U-99% 15N]0.4-0.82
mMMLV IN EBM-90.4-0.82
20 mMTRIS-10[U-2H]2
100 mMsodium chloride-112
0.002 v/vsodium azide-122
0.5 mMDSS-132
2 mMDTT-14[U-2H]2
mMBrd4 ET-15[U-99% 15N]0.4-0.83
mMMLV IN EBM-160.4-0.83
20 mMTRIS-17[U-2H]3
100 mMsodium chloride-183
0.002 v/vsodium azide-193
0.5 mMDSS-203
2 mMDTT-21[U-2H]3
mMBrd4 ET-22[U-99% 15N]0.4-0.84
20 mMTRIS-23[U-2H]4
100 mMsodium chloride-244
0.002 v/vsodium azide-254
0.5 mMDSS-264
2 mMDTT-27[U-2H]4
1 mMMLV IN EBM-285
0.5 mMDSS-295
0.002 v/vsodium azide-305
試料状態イオン強度: 0.25 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker Avance III HD UltrashieldBrukerAvance III HD Ultrashield6001
Bruker Avance III HD AscendBrukerAvance III HD Ascend7002
Bruker Avance III HDBrukerAVANCE III HD8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJ8.1.17Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJ8.1.17Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJ8.1.17Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
TALOS-NCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1276 / NOE intraresidue total count: 141 / NOE long range total count: 189 / NOE medium range total count: 398 / NOE sequential total count: 263 / Protein phi angle constraints total count: 59 / Protein psi angle constraints total count: 64
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 5.133 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.285 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.022 Å / Distance rms dev error: 0.0214 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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