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万見
- PDB-2n3j: Solution Structure of the alpha-crystallin domain from the redox-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n3j
タイトルSolution Structure of the alpha-crystallin domain from the redox-sensitive chaperone, HSPB1
要素Heat shock protein beta-1
キーワードCHAPERONE / crystallin / redox-sensitive chaperone / small heat shock protein
機能・相同性
機能・相同性情報


anterograde axonal protein transport / cornified envelope / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of translational initiation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / protein kinase C inhibitor activity / response to unfolded protein / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway ...anterograde axonal protein transport / cornified envelope / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of translational initiation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / protein kinase C inhibitor activity / response to unfolded protein / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / chaperone-mediated protein folding / axon cytoplasm / protein folding chaperone / proteasome complex / positive regulation of interleukin-1 beta production / ubiquitin binding / regulation of autophagy / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / protein kinase C binding / negative regulation of protein kinase activity / regulation of protein phosphorylation / MAPK6/MAPK4 signaling / response to virus / platelet aggregation / Z disc / VEGFA-VEGFR2 Pathway / spindle / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Extra-nuclear estrogen signaling / cytoskeleton / intracellular signal transduction / focal adhesion / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein beta-1, ACD domain / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Rajagopal, P. / Liu, Y. / Shi, L. / Klevit, R.E.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2015
タイトル: Structure of the alpha-crystallin domain from the redox-sensitive chaperone, HSPB1.
著者: Rajagopal, P. / Liu, Y. / Shi, L. / Clouser, A.F. / Klevit, R.E.
履歴
登録2015年6月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein beta-1
B: Heat shock protein beta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7882
ポリマ－21,7882
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13700 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein beta-1 / HspB1 / 28 kDa heat shock protein / Estrogen-regulated 24 kDa protein / Heat shock 27 kDa protein / ...HspB1 / 28 kDa heat shock protein / Estrogen-regulated 24 kDa protein / Heat shock 27 kDa protein / HSP 27 / Stress-responsive protein 27 / SRP27


分子量: 10894.154 Da / 分子数: 2 / 断片: Alpha-crystallin domain (UNP residues 80-176) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPB1, HSP27, HSP28 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04792
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
2313D 1H-13C NOESY
1423D HN(CA)CB
1523D HBHA(CO)NH
1623D HN(CO)CA
1723D HN(COCA)CB
1823D HNCA
1933D H(CCO)NH
21013D (H)CCH-TOCSY
11112D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM PMSF, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] protein, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM PMSF, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-50% 2H] protein, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM PMSF, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMentity-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMsodium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
1 mMPMSF-41
0.1 mMEDTA-51
1.0 mMentity-6[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]2
50 mMsodium phosphate-72
100 mMsodium chloride-82
1 mMPMSF-92
0.1 mMEDTA-102
1.0 mMentity-11[U-100% 13C; U-100% 15N; U-50% 2H]3
50 mMsodium phosphate-123
100 mMsodium chloride-133
1 mMPMSF-143
0.1 mMEDTA-153
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11007.5ambient atm295 K
21007.5ambient atm310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003
Varian INOVAVarianINOVA6004
Varian INOVAVarianINOVA8005

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax構造決定
CcpNMrCCPNデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2021 / NOE intraresidue total count: 223 / NOE long range total count: 879 / NOE medium range total count: 279 / NOE sequential total count: 635 / Protein phi angle constraints total count: 115 / Protein psi angle constraints total count: 115
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum upper distance constraint violation: 1.7 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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