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万見
- PDB-2n3f: Solution structure of both dsRBDs of DRB4 along with linker (viz.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n3f
タイトルSolution structure of both dsRBDs of DRB4 along with linker (viz. DRB4(1-153))
要素Double-stranded RNA-binding protein 4
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNAi
機能・相同性
機能・相同性情報


ta-siRNA processing / RNAi-mediated antiviral immune response / miRNA processing / double-stranded RNA binding / defense response to virus / nucleus
類似検索 - 分子機能
AtDRB-like, first double-stranded RNA binding domain, plant / AtDRB-like, second double-stranded RNA binding domain, plant / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Double-stranded RNA-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Deshmukh, M. / Chiliveri, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: DRB4 dsRBD1 drives dsRNA recognition in Arabidopsis thaliana tasi/siRNA pathway.
著者: Chiliveri, S.C. / Aute, R. / Rai, U. / Deshmukh, M.V.
履歴
登録2015年5月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-stranded RNA-binding protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6191
ポリマ－16,6191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Double-stranded RNA-binding protein 4 / dsRNA-binding protein 4 / AtDRB4


分子量: 16618.721 Da / 分子数: 1 / 断片: DRBM domains 1 and 2, residues 1-153 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DBR4, At3g62800, F26K9.230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8H1D4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNCO
1323D HN(CA)CO
1423D HNCA
1523D HN(CO)CA
1623D HN(CA)CB
1723D HN(COCA)CB
1822D 1H-13C HSQC
1923D H(CCO)NH-TOCSY
11023D (H)C(CO)NH-TOCSY
11123D (H)CCH-TOCSY
11223D HNHA
11372D 1H-13C HSQC
11432D 1H-13C HSQC
11543D 1H-13C NOESY
11652D 1H-15N HSQC
11752D 1H-1H NOESY
11832D 1H-15N HSQC
11962D 1H-15N HSQC
12013D 1H-15N NOESY
12123D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1500 uM [U-100% 15N] DRB4(1-153), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] DRB4(1-153), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
3250 uM [U-100% 15N] DRB4(1-153), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
4500 uM [U-100% 15N] DRB4(1-153), 500 uM U-13C,1H MeOnly Ile, Leu, Val (rest 12C,1H); U-15N DRB4(1-153), 100% D2O100% D2O
5500 uM [U-100% 15N] DRB4(1-153), 500 uM U-13C,1H MeOnly Ile, Leu, Val (rest 12C,1H); U-15N DRB4(1-153), 100% D2O100% D2O
6500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] DRB4(1-153), filamentous virus, 18mg/mL, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
7500 uM [U-10% 13C] DRB4(1-153), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMDRB4(1-153)-1[U-100% 15N]1
500 uMDRB4(1-153)-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
250 uMDRB4(1-153)-3[U-100% 15N]3
500 uMDRB4(1-153)-4[U-100% 15N]4
500 uMDRB4(1-153)-5U-13C,1H MeOnly Ile, Leu, Val (rest 12C,1H); U-15N4
500 uMDRB4(1-153)-6[U-100% 15N]5
500 uMDRB4(1-153)-7U-13C,1H MeOnly Ile, Leu, Val (rest 12C,1H); U-15N5
500 uMDRB4(1-153)-8[U-100% 13C; U-100% 15N]6
500 uMDRB4(1-153)-9[U-10% 13C]7
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1.6Bruker Biospincollection
TopSpin2.1.6Bruker Biospin解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddard構造決定
SparkySchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloreデータ解析
SparkySchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddard構造決定
SparkySchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloreデータ解析
SparkySchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
ProcheckNMR3.5.4Laskowski and MacArthurstructure validation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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