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- PDB-2n2h: Solution structure of Sds3 in complex with Sin3A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n2h
タイトルSolution structure of Sds3 in complex with Sin3A
要素
  • Paired amphipathic helix protein Sin3a
  • Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3
キーワードTranscription / protein binding / transcription repression / corepressor complex / histone deacetylase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to tert-butyl hydroperoxide / Regulation of MECP2 expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / response to methylglyoxal / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / SUMOylation of transcription cofactors / regulation of hormone levels / HDACs deacetylate histones / cerebral cortex neuron differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function ...cellular response to tert-butyl hydroperoxide / Regulation of MECP2 expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / response to methylglyoxal / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / SUMOylation of transcription cofactors / regulation of hormone levels / HDACs deacetylate histones / cerebral cortex neuron differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / negative regulation of circadian rhythm / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / blastocyst hatching / negative regulation of stem cell population maintenance / Ub-specific processing proteases / cellular response to dopamine / negative regulation of protein localization to nucleus / regulation of axon extension / type I interferon-mediated signaling pathway / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / hematopoietic progenitor cell differentiation / transcription regulator inhibitor activity / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / transcription repressor complex / positive regulation of neuron differentiation / activation of innate immune response / negative regulation of cell migration / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to glucose stimulus / kinetochore / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / rhythmic process / intracellular protein localization / heterochromatin formation / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / DNA replication / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sds3-like / Sds3-like / Sds3-like / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix ...Sds3-like / Sds3-like / Sds3-like / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Paired amphipathic helix protein Sin3a / Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Clark, M. / Radhakrishnan, I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural insights into the assembly of the histone deacetylase-associated Sin3L/Rpd3L corepressor complex.
著者: Clark, M.D. / Marcum, R. / Graveline, R. / Chan, C.W. / Xie, T. / Chen, Z. / Ding, Y. / Zhang, Y. / Mondragon, A. / David, G. / Radhakrishnan, I.
履歴
登録2015年5月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3
B: Paired amphipathic helix protein Sin3a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8242
ポリマ－17,8242
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10720 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3 / Suppressor of defective silencing 3 protein homolog


分子量: 3125.531 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 205-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Suds3, Sds3 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BR65
#2: タンパク質 Paired amphipathic helix protein Sin3a / Histone deacetylase complex subunit Sin3a / Transcriptional corepressor Sin3a


分子量: 14698.822 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 608-729 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sin3a, Kiaa4126 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60520

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1323D 1H-15N NOESY
1423D 1H-13C NOESY
1513D CBCA(CO)NH
1613D HN(CA)CB
1723D CBCA(CO)NH
1823D HN(CA)CB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Sin3HID, 0.5-1 mM Sds3SID, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Sds3SID, 0.5-1 mM Sin3HID, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMSin3HID-1[U-100% 13C; U-100% 15N]0.5-11
mMSds3SID-20.5-11
mMSds3SID-3[U-100% 13C; U-100% 15N]0.5-12
mMSin3HID-40.5-12
試料状態イオン強度: 0.12 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent DD2 / 製造業者: Agilent / モデル: DD2 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNSBrunger, A.T. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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