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万見
- PDB-2n21: Solution structure of complex between DNA G-quadruplex and G-quad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n21
タイトルSolution structure of complex between DNA G-quadruplex and G-quadruplex recognition domain of RHAU
要素
  • ATP-dependent RNA helicase DHX36
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of intracellular mRNA localization / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / catalytic activity, acting on a nucleic acid / positive regulation of cardioblast differentiation / telomerase RNA stabilization / positive regulation of mRNA 3'-end processing / pre-miRNA binding / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production ...positive regulation of intracellular mRNA localization / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / catalytic activity, acting on a nucleic acid / positive regulation of cardioblast differentiation / telomerase RNA stabilization / positive regulation of mRNA 3'-end processing / pre-miRNA binding / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / G-quadruplex DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / cellular response to arsenite ion / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / positive regulation of cytoplasmic translation / telomerase RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / response to exogenous dsRNA / positive regulation of telomere maintenance / positive regulation of interferon-alpha production / regulation of embryonic development / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / regulation of mRNA stability / DNA helicase activity / ossification / mRNA 3'-UTR binding / mRNA 5'-UTR binding / histone deacetylase binding / cytoplasmic stress granule / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / double-stranded RNA binding / cellular response to heat / spermatogenesis / G-quadruplex RNA binding / perikaryon / defense response to virus / DNA helicase / cell differentiation / chromosome, telomeric region / RNA helicase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of translation / nuclear speck / RNA helicase / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / axon / innate immune response / dendrite / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain ...: / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA/RNA helicase DHX36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, distance geometry, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Heddi, B. / Cheong, V.V. / Martadinata, H. / Phan, A.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Insights into G-quadruplex specific recognition by the DEAH-box helicase RHAU: Solution structure of a peptide-quadruplex complex.
著者: Heddi, B. / Cheong, V.V. / Martadinata, H. / Phan, A.T.
履歴
登録2015年4月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: pdbx_nmr_exptl_sample_conditions
Item: _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature
改定 1.32022年8月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DHX36
B: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0912
ポリマ－8,0912
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ATP-dependent RNA helicase DHX36 / DEAH box protein 36 / G4-resolvase 1 / G4R1 / MLE-like protein 1 / RNA helicase associated with AU- ...DEAH box protein 36 / G4-resolvase 1 / G4R1 / MLE-like protein 1 / RNA helicase associated with AU-rich element ARE


分子量: 2360.802 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 53-70 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHX36, DDX36, KIAA1488, MLEL1, RHAU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H2U1, DNA helicase, RNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 5730.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C HSQC aliphatic
1412D 1H-13C HSQC aromatic
1512D 1H-1H NOESY
1613D HNCO
1713D CBCA(CO)NH
1813D HN(CA)CB
1913D H(CCO)NH
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D HNHA
11213D 1H-13C NOESY
11313D 1H-15N NOESY
11413D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.1-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 0.1-1 mM DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')-2, 10-70 mM potassium chloride-3, 10-20 mM potassium phosphate-4, 0. ...内容: 0.1-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 0.1-1 mM DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')-2, 10-70 mM potassium chloride-3, 10-20 mM potassium phosphate-4, 0.1-1 mM entity_1-5, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMentity_1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]0.1-11
mMDNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')-20.1-11
mMpotassium chloride-310-701
mMpotassium phosphate-410-201
mMentity_1-50.1-11
試料状態イオン強度: 0.9 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Bruker AMXBrukerAMX7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorechemical shift assignment
X-PLOR NIHGoddardgeometry optimization
X-PLOR NIHGoddard精密化
X-PLOR NIHGoddardchemical shift assignment
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, distance geometry, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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