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万見
- PDB-2n1r: NMR Structure of the Myristylated Feline Immunodeficiency Virus M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n1r
タイトルNMR Structure of the Myristylated Feline Immunodeficiency Virus Matrix Protein
要素Matrix protein p15
キーワードVIRAL PROTEIN / myristoylated / FIV / HIV / SIV / feline / matrix / p15
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunodeficiency lentiviruses, gag gene matrix protein p17 / : / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / DNA polymerase; domain 1 / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle ...Immunodeficiency lentiviruses, gag gene matrix protein p17 / : / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / DNA polymerase; domain 1 / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / CYANA
Model detailsfewest violations, model2
データ登録者Brown, L.A. / Cox, C. / Button, R.J. / Baptiste, J. / Bahlow, K. / Spurrier, V. / Luttge, B.G. / Kuo, L. / Freed, E.O. / Summers, M.F. ...Brown, L.A. / Cox, C. / Button, R.J. / Baptiste, J. / Bahlow, K. / Spurrier, V. / Luttge, B.G. / Kuo, L. / Freed, E.O. / Summers, M.F. / Kyser, J. / Summers, H.R.
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2015
タイトル: NMR structure of the myristylated feline immunodeficiency virus matrix protein.
著者: Brown, L.A. / Cox, C. / Baptiste, J. / Summers, H. / Button, R. / Bahlow, K. / Spurrier, V. / Kyser, J. / Luttge, B.G. / Kuo, L. / Freed, E.O. / Summers, M.F.
履歴
登録2015年4月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7291
ポリマ－14,7291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20020 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein p15


分子量: 14728.980 Da / 分子数: 1 / 変異: Q5A, G6S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Feline immunodeficiency virus (isolate Petaluma) (ウイルス)
株: Petaluma strain / 遺伝子: gag / Variant: clone 34TF10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P16087
配列の詳細Myristylated

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11515N-1HN HSQC
12113C-1HN HNCA
13113C-1HN HN(CO)CA
141CBCANH
151CBCA(CO)NH
161CARBON-NITROGEN NOESY (CNNOE)
17515N EDITED 3D NOESY
1841H-13C HMQC
194CARBON CARBON NOSEY (CCNOE)
11021H-1H NOESY
111213C-1H HMQC NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 1 g/L [U-99% 15N] ammonium chloride, 4 g/L glucose, 0.5 mg/mL MYRISTIC ACID, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 1 g/L ammonium chloride, 4 g/L glucose, 0.5 mg/mL [U-100% 13C] MYRISTIC ACID, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
250 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 4 g/L [U-100% 13C] glucose, 1 g/L ammonium chloride, 0.5 mg/mL MYRISTIC ACID, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 4 g/L [U-100% 13C] glucose, 1 g/L [U-99% 15N] ammonium chloride, 0.5 mg/mL MYRISTIC ACID, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 4 g/L glucose, 1 g/L ammonium chloride, 0.5 mg/mL MYRISTIC ACID, 100% D2O100% D2O
350 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 4 g/L [U-100% 13C] glucose, 1 g/L ammonium chloride, 0.5 mg/mL MYRISTIC ACID, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 4 g/L [U-100% 13C] glucose, 1 g/L [U-99% 15N] ammonium chloride, 0.5 mg/mL MYRISTIC ACID, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 4 g/L glucose, 1 g/L ammonium chloride, 0.5 mg/mL MYRISTIC ACID, 100% D2O100% D2O
450 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 4 g/L [U-100% 13C] glucose, 1 g/L ammonium chloride, 0.5 mg/mL MYRISTIC ACID, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 4 g/L [U-100% 13C] glucose, 1 g/L [U-99% 15N] ammonium chloride, 0.5 mg/mL MYRISTIC ACID, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 4 g/L glucose, 1 g/L ammonium chloride, 0.5 mg/mL MYRISTIC ACID, 100% D2O100% D2O
550 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 1 g/L [U-99% 15N] ammonium chloride, 4 g/L glucose, 0.5 mg/mL MYRISTIC ACID, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 1 g/L ammonium chloride, 4 g/L glucose, 0.5 mg/mL [U-100% 13C] MYRISTIC ACID, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium phosphate-11
150 mMsodium chloride-21
10 mMDTT-31
1 g/Lammonium chloride-4[U-99% 15N]1
4 g/Lglucose-51
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-61
50 mMsodium phosphate-71
150 mMsodium chloride-81
10 mMDTT-91
1 g/Lammonium chloride-101
4 g/Lglucose-111
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-12[U-100% 13C]1
50 mMsodium phosphate-132
150 mMsodium chloride-142
10 mMDTT-152
4 g/Lglucose-16[U-100% 13C]2
1 g/Lammonium chloride-172
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-182
50 mMsodium phosphate-192
150 mMsodium chloride-202
10 mMDTT-212
4 g/Lglucose-22[U-100% 13C]2
1 g/Lammonium chloride-23[U-99% 15N]2
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-242
50 mMsodium phosphate-252
150 mMsodium chloride-262
10 mMDTT-272
4 g/Lglucose-282
1 g/Lammonium chloride-292
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-302
50 mMsodium phosphate-313
150 mMsodium chloride-323
10 mMDTT-333
4 g/Lglucose-34[U-100% 13C]3
1 g/Lammonium chloride-353
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-363
50 mMsodium phosphate-373
150 mMsodium chloride-383
10 mMDTT-393
4 g/Lglucose-40[U-100% 13C]3
1 g/Lammonium chloride-41[U-99% 15N]3
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-423
50 mMsodium phosphate-433
150 mMsodium chloride-443
10 mMDTT-453
4 g/Lglucose-463
1 g/Lammonium chloride-473
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-483
50 mMsodium phosphate-494
150 mMsodium chloride-504
10 mMDTT-514
4 g/Lglucose-52[U-100% 13C]4
1 g/Lammonium chloride-534
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-544
50 mMsodium phosphate-554
150 mMsodium chloride-564
10 mMDTT-574
4 g/Lglucose-58[U-100% 13C]4
1 g/Lammonium chloride-59[U-99% 15N]4
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-604
50 mMsodium phosphate-614
150 mMsodium chloride-624
10 mMDTT-634
4 g/Lglucose-644
1 g/Lammonium chloride-654
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-664
50 mMsodium phosphate-675
150 mMsodium chloride-685
10 mMDTT-695
1 g/Lammonium chloride-70[U-99% 15N]5
4 g/Lglucose-715
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-725
50 mMsodium phosphate-735
150 mMsodium chloride-745
10 mMDTT-755
1 g/Lammonium chloride-765
4 g/Lglucose-775
0.5 mg/mLMYRISTIC ACID-78[U-100% 13C]5
試料状態イオン強度: 150mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient, 1atm atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX8001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
CYANA精密化
精密化手法: CYANA / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated in torsion angle space with CYANA (http://www.las.jp/index_eg.html) starting from random initial angles. Upper interproton distance bounds of 2.7, 3.3 and 5.0 aE ...詳細: Structures were calculated in torsion angle space with CYANA (http://www.las.jp/index_eg.html) starting from random initial angles. Upper interproton distance bounds of 2.7, 3.3 and 5.0 aE (with appropriate corrections for pseudoatoms) were employed for NOE cross peaks of strong, medium, and weak intensity respectively, which were qualitatively determined following intensity normalization of the different NOE data sets. Residual dipolar couplings were prohibited due to precipitation of the sample. No backbone hydrogen bond or chemical shift-based torsion angle restraints were employed.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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