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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2n1n | ||||||
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タイトル | Solution structure of VSTx1 | ||||||
要素 | Kappa-theraphotoxin-Gr3a | ||||||
キーワード | TOXIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Grammostola rosea (クモ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Lau, H.Y. / King, G.F. / Mobli, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep タイトル: Molecular basis of the interaction between gating modifier spider toxins and the voltage sensor of voltage-gated ion channels. 著者: Lau, C.H. / King, G.F. / Mobli, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2n1n.cif.gz | 245.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2n1n.ent.gz | 213.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2n1n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/2n1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/2n1n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4096.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Grammostola rosea (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60980 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 20 mM sodium acetate, 1.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VSTx1, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 900 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Simulated annealing, with automated NOE assignment | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 694 / NOE intraresidue total count: 193 / NOE long range total count: 179 / NOE medium range total count: 116 / NOE sequential total count: 206 / Disulfide bond constraints total count: 3 / Hydrogen bond constraints total count: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |