PDB-2wh9: Solution structure of GxTX-1E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wh9

タイトル

Solution structure of GxTX-1E

要素

GUANGXITOXIN-1EGXTX-1E

キーワード

MEMBRANE PROTEIN INHIBITOR / POTASSIUM CHANNEL INHIBITOR / IONIC CHANNEL INHIBITOR / KNOTTIN

機能・相同性

Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Kappa-theraphotoxin-Pg1a

機能・相同性情報

生物種

PLESIOPHRICTUS GUANGXIENSIS (クモ)

手法

溶液NMR / CYANA

データ登録者

Lee, S.K. / Jung, H.H. / Lee, J.Y. / Lee, C.W. / Kim, J.I.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Solution Structure of Gxtx-1E, a High Affinity Tarantula Toxin Interacting with Voltage Sensors in Kv2.1 Potassium Channels.
著者: Lee, S. / Milescu, M. / Jung, H.H. / Lee, J.Y. / Bae, C.H. / Lee, C.W. / Kim, H.H. / Swartz, K.J. / Kim, J.I.

履歴

登録	2009年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月19日	Group: Other
改定 1.2	2020年1月15日	Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wh9.cif.gz	204.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wh9.ent.gz	171.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wh9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/2wh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/2wh9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2n1n-d 5i1x-d 5tcz-d 2mt7-d 1wqb-d 2n4t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16960

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GUANGXITOXIN-1EGXTX-1E

3.96 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	LOWEST TARGET FUNCTION
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	GUANGXITOXIN-1EGXTX-1E / GXTX-1E / GXTX1E 分子量: 3958.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) PLESIOPHRICTUS GUANGXIENSIS (クモ) / 参照: UniProt: P84835
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	NOESY

NMR実験の詳細

Text: NONE

-
試料調製

詳細	内容: 10% WATER/90% D2O
試料状態	pH: 3.5 / 温度: 300.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.2	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU, READ,RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
Sparky			構造決定

精密化

手法: CYANA / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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