PDB-2mz4: Solution Structure of mu-SLPTX-Ssm6a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mz4

タイトル

Solution Structure of mu-SLPTX-Ssm6a

要素

Mu-scoloptoxin-Ssm6a

キーワード

TOXIN / mu-SLPTX-Ssm6a / Gating modifier / Sodium 1.7 channel

機能・相同性

Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 - #50 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / sodium channel regulator activity / toxin activity / Orthogonal Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / Mu-scoloptoxin(03)-Ssm2a

機能・相同性情報

生物種

Scolopendra mutilans (ムカデ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Kim, J.H. / Kim, J.I.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of mu-SLPTX-Ssm6a, a Gating Modifier of human Nav1.7 channels
著者: Kim, J.H. / Kim, J.I.

履歴

登録	2015年2月6日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mz4.cif.gz	278.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mz4.ent.gz	233 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mz4_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mz4_full_validation.pdf.gz	592.6 KB	表示
XML形式データ	2mz4_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	2mz4_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/2mz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/2mz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4y2i-d 1qdk-d 3a02-d 1b2c-d 2kkd-d 5xqn-2 1ops-d 6l6v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25472

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mu-scoloptoxin-Ssm6a

5.33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Mu-scoloptoxin-Ssm6a / Mu-SLPTX-Ssm6a 分子量: 5333.003 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 66-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scolopendra mutilans (ムカデ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DL36
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 1.0 mM protein, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.0 mM / 構成要素: protein-1
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 3.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software	名称: X-PLOR NIH / 開発者: Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore / 分類: 精密化
精密化	手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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