[日本語] English
万見
- PDB-2myx: Structure of the CUE domain of yeast Cue1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2myx
タイトルStructure of the CUE domain of yeast Cue1
要素Coupling of ubiquitin conjugation to ER degradation protein 1
キーワードUBIQUITIN-BINDING PROTEIN / CUE domain / ubiquitination / ERAD
機能・相同性
機能・相同性情報


CUE1-UBC7 ubiquitin-conjugating enzyme complex / establishment of protein localization to endoplasmic reticulum membrane / Doa10p ubiquitin ligase complex / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / ERAD pathway / ubiquitin binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cue1, Ubc7p-binding domain / Ubc7p-binding region of Cue1 / CUE domain / Domain that may be involved in binding ubiquitin-conjugating enzymes (UBCs) / Ubiquitin system component CUE / CUE domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Coupling of ubiquitin conjugation to ER degradation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Kniss, A. / Rogov, V.V. / Loehr, F. / Guentert, P. / Doetsch, V.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: The CUE Domain of Cue1 Aligns Growing Ubiquitin Chains with Ubc7 for Rapid Elongation.
著者: von Delbruck, M. / Kniss, A. / Rogov, V.V. / Pluska, L. / Bagola, K. / Lohr, F. / Guntert, P. / Sommer, T. / Dotsch, V.
履歴
登録2015年2月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22016年7月13日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coupling of ubiquitin conjugation to ER degradation protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2661
ポリマ－8,2661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Coupling of ubiquitin conjugation to ER degradation protein 1 / Kinetochore-defect suppressor 4


分子量: 8266.045 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 45-115 of Cue1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CUE1, KIS4, YM8156.06, YMR264W / プラスミド: pET39(b)+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express (NEB) / 参照: UniProt: P38428

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure of the CUE domain of yeast coupling of ubiquitin conjugation to ER degradation protein 1 (Cue1)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D HNCO
1413D 1H-15N NOESY
1513D 1H-13C NOESY aliphatic
1613D 1H-13C NOESY aromatic
1713D long range 1H-15N TROSY HNCO
1813D HN(CA)CO
1912D 1H-13C HSQC
11012D 1H-13C ct TROSY H(C)N
11112D (H)CB(CG)CCH-TOCSY
11212D (HB)CB(CGCD)HD
11313D H(CC)(CO)NH TOCSY
11413D (H)C(C)(CO)NH TOCSY
11512D 1H-15N BEST TROSY H(N)N

-
試料調製

詳細内容: 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 5 % D2O, 0.01 % sodium azide, 4.6 mM protease inhibitor cocktail, 1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CUE domain of Cue1, 100 uM DSS, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium phosphate-11
100 mMsodium chloride-21
5 %D2O-31
0.01 %sodium azide-41
4.6 mMprotease inhibitor cocktail-51
1.2 mMCUE domain of Cue1-6[U-98% 13C; U-98% 15N]1
100 uMDSS-71
試料状態イオン強度: 100 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003
Bruker AvanceBrukerAVANCE5004

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.96Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpin3.1Bruker Biospin解析
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
OPALpLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle constraints
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1605 / NOE long range total count: 461 / NOE medium range total count: 440
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 2.01 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.13 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る