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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2myw | ||||||
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タイトル | Solution structure of M. oryzae protein AVR-PIA | ||||||
要素 | AVR-Pia protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION | ||||||
機能・相同性 | AVR-Pia protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Magnaporthe oryzae (菌類) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | de Guillen, K. / Kroj, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015 タイトル: Structure Analysis Uncovers a Highly Diverse but Structurally Conserved Effector Family in Phytopathogenic Fungi. 著者: de Guillen, K. / Ortiz-Vallejo, D. / Gracy, J. / Fournier, E. / Kroj, T. / Padilla, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2myw.cif.gz | 484.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2myw.ent.gz | 408.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2myw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2myw_validation.pdf.gz | 538.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2myw_full_validation.pdf.gz | 703.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2myw_validation.xml.gz | 31.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2myw_validation.cif.gz | 50 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/2myw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/2myw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10877.146 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 19-85 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (菌類) / 遺伝子: AVR-Pia / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: B9WZW9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.15 / pH: 5.4 / 圧: ambient / 温度: 305 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 1541 / NOE long range total count: 391 / NOE medium range total count: 128 / Hydrogen bond constraints total count: 40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 4 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.4 Å |