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万見
- PDB-2myh: Omega-Tbo-IT1: selective inhibitor of insect calcium channels iso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2myh
タイトルOmega-Tbo-IT1: selective inhibitor of insect calcium channels isolated from Tibellus oblongus spider venom
要素Omega-Tbo-IT1 toxin
キーワードTOXIN / cystine knot inhibitor / ICK
機能・相同性host cell presynaptic membrane / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Omega-phylotoxin-To1a
機能・相同性情報
生物種Tibellus oblongus (スジシャコグモ)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Altukhov, D. / Bozin, T. / Bocharov, E. / Kozlov, S. / Mikov, A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: omega-Tbo-IT1-New Inhibitor of Insect Calcium Channels Isolated from Spider Venom.
著者: Mikov, A.N. / Fedorova, I.M. / Potapieva, N.N. / Maleeva, E.E. / Andreev, Y.A. / Zaitsev, A.V. / Kim, K.K. / Bocharov, E.V. / Bozin, T.N. / Altukhov, D.A. / Lipkin, A.V. / Kozlov, S.A. / ...著者: Mikov, A.N. / Fedorova, I.M. / Potapieva, N.N. / Maleeva, E.E. / Andreev, Y.A. / Zaitsev, A.V. / Kim, K.K. / Bocharov, E.V. / Bozin, T.N. / Altukhov, D.A. / Lipkin, A.V. / Kozlov, S.A. / Tikhonov, D.B. / Grishin, E.V.
履歴
登録2015年1月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Omega-Tbo-IT1 toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3481
ポリマ－4,3481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Omega-Tbo-IT1 toxin


分子量: 4348.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tibellus oblongus (スジシャコグモ)
プラスミド: pET-32-b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0G3F8Z3*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: TWO-DIMENSIONAL 1H-1H DQF-COSY, TOCSY (80-MS MIXING TIME), NOESY (120-MS MIXING TIME) AND 1H-13C HSQC (AT NATURAL ABUNDANCE) NMR SPECTRA OF 1.5 MM RECOMBINANT OMEGA-TBO-IT1 TOXIN (SOLUBILIZED ...詳細: TWO-DIMENSIONAL 1H-1H DQF-COSY, TOCSY (80-MS MIXING TIME), NOESY (120-MS MIXING TIME) AND 1H-13C HSQC (AT NATURAL ABUNDANCE) NMR SPECTRA OF 1.5 MM RECOMBINANT OMEGA-TBO-IT1 TOXIN (SOLUBILIZED IN H2O OR D2O WITH 20 MM PHOSPHATE BUFFER, PH 5.8) WERE ACQUIRED AT 12C AND 20C ON NMR SPECTROMETER VARIAN NMR SYSTEM 700 MHZ.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-13C HSQC
1422D DQF-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM Omega-Tbo-IT1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5 mM Omega-Tbo-IT1, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1.5 mMOmega-Tbo-IT1-11
1.5 mMOmega-Tbo-IT1-22
試料状態イオン強度: 0.06 / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Uniform NMR System 700 / 製造業者: Varian / モデル: Uniform NMR System 700 / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
ACMEDelaglio, Zhengrong and Bax解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 422 / NOE intraresidue total count: 249 / NOE long range total count: 49 / NOE medium range total count: 21 / NOE sequential total count: 103 / Disulfide bond constraints total count: 24 / Hydrogen bond constraints total count: 88 / Protein chi angle constraints total count: 89 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 89 / Protein psi angle constraints total count: 2
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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