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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2myd | ||||||
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タイトル | HIGH RESOLUTION X-RAY STRUCTURES OF MYOGLOBIN-AND HEMOGLOBIN-ALKYL ISOCYANIDE COMPLEXES | ||||||
![]() | MYOGLOBIN (N-PROPYL ISOCYANIDE) | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Johnson, K.A. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
![]() | ジャーナル: Thesis / 年: 1993 タイトル: High Resolution X-Ray Structures of Myoglobin-and Hemoglobin-Alkyl Isocyanide Complexes 著者: Johnson, K.A. #1: ![]() タイトル: Structure of Myoglobin-Ethyl Isocyanide: Histidine as a Swinging Door for Ligand Entry 著者: Johnson, K.A. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 484.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 487.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P02185 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-NPN / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.88 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→5 Å / Rfactor Rwork: 0.148 / Rfactor obs: 0.148 / σ(F): 0 詳細: WATERS WERE RETAINED FROM THE STARTING STRUCTURE OF OXYMYOGLOBIN (PROTEIN DATA BANK ENTRY 1MBO). ADDITIONAL WATERS WERE ADDED IF THEY LAY IN 3.5 - 4.O SIGMA PEAKS IN FO-FC ELECTRON DENSITY ...詳細: WATERS WERE RETAINED FROM THE STARTING STRUCTURE OF OXYMYOGLOBIN (PROTEIN DATA BANK ENTRY 1MBO). ADDITIONAL WATERS WERE ADDED IF THEY LAY IN 3.5 - 4.O SIGMA PEAKS IN FO-FC ELECTRON DENSITY MAPS AND 1 SIGMA PEAKS IN 2FO-FC MAPS. CONCURRENTLY, A WATER WOULD BE DELETED IF ITS OCCUPANCY (Q) AND TEMPERATURE FACTOR (B) COMBINED TO MAKE THE VALUE Q*EXP(-B/36)*100% FALL BELOW 10%. A PEAK NUMBER OF 340 WATERS WAS REACHED. THIS WAS REDUCED TO 164 WATERS OVER THE LAST FEW REFINEMENT CYCLES BY DELETING WATERS WHICH FELL BELOW A 20% THRESHOLD. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→5 Å
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拘束条件 |
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