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万見
- PDB-2my7: NMR Structure of unfolding intermediate state of RRM-3 domain of ETR-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2my7
タイトルNMR Structure of unfolding intermediate state of RRM-3 domain of ETR-3
要素CUGBP Elav-like family member 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ETR 3 RRM-3 / Intermediate state / Protein folding
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA splice site recognition / pre-mRNA binding / Flemming body / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of heart contraction / RNA processing / mRNA 3'-UTR binding / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / RNA binding ...mRNA splice site recognition / pre-mRNA binding / Flemming body / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of heart contraction / RNA processing / mRNA 3'-UTR binding / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CELF1/2, RNA recognition motif 2 / CELF1/2, RNA recognition motif 3 / CELF1/2, RNA recognition motif 1 / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...CELF1/2, RNA recognition motif 2 / CELF1/2, RNA recognition motif 3 / CELF1/2, RNA recognition motif 1 / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CUGBP Elav-like family member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Bhatt, H.P. / Ganguly, A.K. / Bhavesh, N.S.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2020
タイトル: Structure of an Unfolding Intermediate of an RRM Domain of ETR-3 Reveals Its Native-like Fold.
著者: Bhatt, H. / Ganguly, A.K. / Sharma, S. / Kushwaha, G.S. / Firoz Khan, M. / Sen, S. / Bhavesh, N.S.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年2月4日ID: 2MIK
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CUGBP Elav-like family member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9311
ポリマ－10,9311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 CUGBP Elav-like family member 2 / CELF-2 / Bruno-like protein 3 / CUG triplet repeat RNA-binding protein 2 / CUG-BP2 / CUG-BP- and ...CELF-2 / Bruno-like protein 3 / CUG triplet repeat RNA-binding protein 2 / CUG-BP2 / CUG-BP- and ETR-3-like factor 2 / ELAV-type RNA-binding protein 3 / ETR-3 / Neuroblastoma apoptosis-related RNA-binding protein / hNAPOR / RNA-binding protein BRUNOL-3


分子量: 10930.555 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 416-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CELF2, BRUNOL3, CUGBP2, ETR3, NAPOR / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95319

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY aliphatic
1813D 1H-13C NOESY aromatic
1913D HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RRM3 intermediate state, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 6 M urea, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-99% 15N] RRM3 intermediate state, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 6 M urea, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRRM3 intermediate state-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMsodium chloride-21
20 mMsodium phosphate-31
6 Murea-41
1 mMRRM3 intermediate state-5[U-99% 15N]2
50 mMsodium chloride-62
20 mMsodium phosphate-72
6 Murea-82
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1 / 詳細: WATER REFINEMENT
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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