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万見
- PDB-2my3: Snu17p-Pml1p structure intermediate during RES complex assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2my3
タイトルSnu17p-Pml1p structure intermediate during RES complex assembly
要素
  • Pre-mRNA leakage protein 1
  • U2 snRNP component IST3
キーワードSPLICING / spliceosome / Snu17p / Ist3p / Pml1p / heterodimer / cooperativity / RES / RRM
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of RNA location / RES complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / Prp19 complex / mRNA export from nucleus / spliceosomal complex ...maintenance of RNA location / RES complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / Prp19 complex / mRNA export from nucleus / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ist3-like, RNA recognition motif / : / : / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...Ist3-like, RNA recognition motif / : / : / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
U2 snRNP component IST3 / Pre-mRNA leakage protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wysoczanski, P. / Becker, S. / Zweckstetter, M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structures of intermediates during RES complex assembly.
著者: Wysoczanski, P. / Becker, S. / Zweckstetter, M.
履歴
登録2015年1月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U2 snRNP component IST3
B: Pre-mRNA leakage protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0112
ポリマ－16,0112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 U2 snRNP component IST3 / Increased sodium tolerance protein 3 / U2 snRNP protein SNU17


分子量: 13495.979 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues(25-138) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: IST3, SNU17, YIB5W, YIR005W / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40565
#2: タンパク質・ペプチド Pre-mRNA leakage protein 1


分子量: 2514.782 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues(22-42) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: L1591, PML1, YLR016C / プラスミド: modified pET-28b with TEV cleavage site / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07930

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1312D 1H-15N HSQC
1422D 1H-15N HSQC
1512D 1H-15N HSQC
1622D 1H-15N HSQC
1712D 1H-15N HSQC
1822D 1H-15N HSQC
1912D 1H-13C HSQC aliphatic
11013D 1H-13C NOESY aromatic
11123D 1H-13C NOESY aromatic
11223D 1H-13C NOESY aliphatic
11313D HNCO
11413D HNCA
11523D HNCA
11613D HN(CO)CA
11723D HN(CO)CA
11813D (H)CCH-TOCSY
11913D 1H-15N NOESY
12023D 1H-15N NOESY
1211(HB)CB(CGCD)HD

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
125 mM sodium phosphate, 250 mM sodium chloride, 0.8-1 mM [U-13C; U-15N] Snu17p, 1.2-1.5 mM Pml1p_Fmoc, 1 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
225 mM sodium phosphate, 250 mM sodium chloride, 1-1.2 mM Snu17p, 0.8-1 mM [U-13C; U-15N] Pml1p, 1 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
25 mMsodium phosphate-11
250 mMsodium chloride-21
mMSnu17p-3[U-13C; U-15N]0.8-11
mMPml1p_Fmoc-41.2-1.51
1 mMsodium azide-51
25 mMsodium phosphate-62
250 mMsodium chloride-72
mMSnu17p-81-1.22
mMPml1p-9[U-13C; U-15N]0.8-12
1 mMsodium azide-102
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.34Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorerefinment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Analysis_CCPNCCPNchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospin解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2258 / NOE intraresidue total count: 558 / NOE long range total count: 856 / NOE sequential total count: 616 / Hydrogen bond constraints total count: 50 / Protein phi angle constraints total count: 115 / Protein psi angle constraints total count: 115
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.7 ° / コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.1 Å / Torsion angle constraint violation method: x-plor nih
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.021 Å / Distance rms dev error: 0.002 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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