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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mxz | ||||||
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タイトル | Bacteriophage T5 l-alanoyl-d-glutamate peptidase comlpex with Zn2+ (Endo T5-ZN2+) | ||||||
![]() | L-alanyl-D-glutamate peptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / bacteriophage T5 / endolysin / l-alanoyl-d-glutamate peptidase / Zn-containing | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metabolic process / viral release from host cell by cytolysis / cell wall organization / peptidase activity / defense response to bacterium / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
![]() | Prokhorov, D.A. / Mikoulinskaia, G.V. / Kutyshenko, V.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution NMR structure of a Zn2+-containing form of the bacteriophage T5 L-alanyl-D-glutamate peptidase 著者: Prokhorov, D.A. / Mikoulinskaia, G.V. / Molochkov, N.V. / Uversky, V.N. / Kutyshenko, V.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 837 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 696.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 718.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 80.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15286.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: lys, T5.040, T5p039 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6QGP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR / 詳細: bacteriophage T5 l-alanoyl-d-glutamate peptidase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] l-alanoyl-d-glutamate peptidase, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.8 mM / 構成要素: l-alanoyl-d-glutamate peptidase-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] |
試料状態 | イオン強度: 0.05 / pH: 4.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 1869 / NOE intraresidue total count: 393 / NOE long range total count: 690 / NOE medium range total count: 299 / NOE sequential total count: 487 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |