PDB-2mxm: NMR solution structure of TRTX-Tp1a from the tarantula Thrixopelm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mxm

タイトル

NMR solution structure of TRTX-Tp1a from the tarantula Thrixopelma pruriens

要素

entity

キーワード

TOXIN / spider toxin / sodium channel inhibitor / cystine knot

機能・相同性

Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Mu-theraphotoxin-Tp1a

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

Best Molprobity score, model 1

データ登録者

Rosengren, K.

引用

ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2015
タイトル: Identification and Characterization of ProTx-III [ mu-TRTX-Tp1a], a New Voltage-Gated Sodium Channel Inhibitor from Venom of the Tarantula Thrixopelma pruriens.
著者: Cardoso, F.C. / Dekan, Z. / Rosengren, K.J. / Erickson, A. / Vetter, I. / Deuis, J.R. / Herzig, V. / Alewood, P.F. / King, G.F. / Lewis, R.J.

履歴

登録	2015年1月8日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mxm.cif.gz	199.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mxm.ent.gz	166.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mxm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mxm_validation.pdf.gz	501.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mxm_full_validation.pdf.gz	570.9 KB	表示
XML形式データ	2mxm_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	2mxm_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mxm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5we3-d 1x5v-d 1rju-d 1bgk-d 2mr9-d 4mpi-1 2m50-d 6btv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25419

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: entity

3.82 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with acceptable covalent geometry
代表モデル	モデル #1	best molprobity score

#1: タンパク質・ペプチド	entity 分子量: 3817.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P0DL64*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 0.4 mg/mL spider toxin, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.4 mg/mL / 構成要素: entity-1
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	collection
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	解析
CARA		Keller and Wuthrich	データ解析
CARA		Keller and Wuthrich	peak picking
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Strcutures calculated using Cartesian dynamics and refined and energy minimized in explicit water.

NMR constraints

NOE constraints total: 349 / NOE intraresidue total count: 168 / NOE long range total count: 45 / NOE medium range total count: 36 / NOE sequential total count: 100 / Hydrogen bond constraints total count: 24 / Protein chi angle constraints total count: 18 / Protein phi angle constraints total count: 19 / Protein psi angle constraints total count: 0

代表構造

選択基準: best molprobity score

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)