- PDB-2mwt: NMR structure of crotalicidin in DPC micelles -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2mwt
タイトル
NMR structure of crotalicidin in DPC micelles
要素
Cathelicidin-like peptide
キーワード
antimicrobial / antitumor protein / antimicrobial peptide / antitumor peptide / antimicrobial protein
機能・相同性
Cathelicidin-like / other organism cell membrane / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / membrane / Crotalicidin
1 mM crotalicidin, 30 mM [U-98% 2H] DPC, 0.1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O
90% H2O/10% D2O
2
1 mM crotalicidin, 30 mM [U-98% 2H] DPC, 0.1 mM DSS, 100% D2O
100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
1mM
crotalicidin-1
1
30mM
DPC-2
[U-98% 2H]
1
0.1mM
DSS-3
1
1mM
crotalicidin-4
2
30mM
DPC-5
[U-98% 2H]
2
0.1mM
DSS-6
2
試料状態
Conditions-ID
イオン強度
pH
圧 (kPa)
温度 (K)
1
0
3.0
ambient
298K
2
0
3.0
ambient
308K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz
-
解析
NMR software
名称
開発者
分類
Sparky
Goddard
chemicalshiftassignment
Sparky
Goddard
データ解析
TopSpin
BrukerBiospin
collection
TopSpin
BrukerBiospin
解析
TALOS
Cornilescu, DelaglioandBax
データ解析
CYANA
Guntert, MumenthalerandWuthrich
構造決定
CYANA
Guntert, MumenthalerandWuthrich
精密化
精密化
手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraints
NOE constraints total: 461 / NOE intraresidue total count: 219 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 116 / NOE sequential total count: 126 / Protein phi angle constraints total count: 30 / Protein psi angle constraints total count: 29
代表構造
選択基準: fewest violations
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20