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万見
- PDB-2mwq: Solution structure of PsbQ from spinacia oleracea -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mwq
タイトルSolution structure of PsbQ from spinacia oleracea
要素Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
キーワードPLANT PROTEIN / PSII PsbQ protein / Photosynthesis / Photosystem II / Oxygen evolving complex
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / photosynthetic electron transport chain / extrinsic component of membrane / chloroplast thylakoid membrane / : / chloroplast / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Oxygen-evolving enhancer protein 3 (PsbQ), four-helix up-down bundle / : / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Rathner, P. / Mueller, N. / Wimmer, R. / Chandra, K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Solution NMR and molecular dynamics reveal a persistent alpha helix within the dynamic region of PsbQ from photosystem II of higher plants.
著者: Rathner, P. / Rathner, A. / Hornicakova, M. / Wohlschlager, C. / Chandra, K. / Kohoutova, J. / Ettrich, R. / Wimmer, R. / Muller, N.
履歴
登録2014年11月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5451
ポリマ－16,5451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / OEE3 / 16 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / OEC 16 kDa subunit


分子量: 16544.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
遺伝子: PSBQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12301

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D CBCA(CO)NH
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D (H)C(C)(CO)NH
1713D HBHA(CO)NH
1813D (H)CCH-COSY
1913D TOCSY-HSQC
11012D (HB)CB(CGCD)HD
11112D (HB)CB(CGCDCE)HE
11213D 1H-15N NOESY
11323D 1H-13C NOESY aliphatic
11423D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-13C; U-15N] PsbQ, 20 mM sodium phosphate, 50 uM sodium azide, 1 mM EDTA, 10 v/v [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-13C; U-15N] PsbQ, 20 mM sodium phosphate, 50 uM sodium azide, 1 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMPsbQ-1[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphate-21
50 uMsodium azide-31
1 mMEDTA-41
10 v/vD2O-5[U-100% 2H]1
0.8 mMPsbQ-6[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium phosphate-72
50 uMsodium azide-82
1 mMEDTA-92
試料状態イオン強度: 0.06 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVIII / 製造業者: Bruker / モデル: AVIII / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.1Bruker Biospincollection
TopSpin3.1Bruker Biospinデータ解析
CARA1.5.5Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.5.5Keller and Wuthrichpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
YASARA12.1.19YASARA Biosciencesgeometry optimization
YASARA12.1.19YASARA Biosciences精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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