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万見
- PDB-2mwk: Family 1 Carbohydrate-Binding Module from Trichoderma reesei Cel7... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mwk
タイトルFamily 1 Carbohydrate-Binding Module from Trichoderma reesei Cel7A with O-mannose residues at Thr1, Ser3, and Ser14
要素Exoglucanase 1
キーワードHYDROLASE / O-glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Exoglucanase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoderma reesei (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Happs, R.M. / Chen, L. / Resch, M.G. / Davis, M.F. / Beckham, G.T. / Tan, Z. / Crowley, M.F.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: O-glycosylation effects on family 1 carbohydrate-binding module solution structures.
著者: Happs, R.M. / Guan, X. / Resch, M.G. / Davis, M.F. / Beckham, G.T. / Tan, Z. / Crowley, M.F.
履歴
登録2014年11月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 1.32016年2月3日Group: Database references
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exoglucanase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2874
ポリマ－3,7461
非ポリマー5403
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30molecular dynamics
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Exoglucanase 1 / 1 / 4-beta-cellobiohydrolase / Exocellobiohydrolase I / CBHI / Exoglucanase I


分子量: 3746.126 Da / 分子数: 1 / 断片: CBM1 domain residues 478-513 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Trichoderma reesei (菌類)
参照: UniProt: P62694, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D DQF-COSY
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H TOCSY
2512D DQF-COSY
2612D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mg CBM_3M, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5 mg CBM_3M, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1.5 mg/mLCBM_3M-11
1.5 mg/mLCBM_3M-22
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1305ambient 300 K
2305ambient 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
TopSpin3.2Bruker Biospinデータ解析
TopSpin3.2Bruker Biospinchemical shift assignment
TopSpin3.2Bruker Biospinpeak picking
XPLOR-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
XPLOR-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CHARMM_DOMDECBrooks, Bruccoleri, Olafson, States, Swaminathan, and Karplus精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 30 conformers initially calculated were refined with 4 rounds of SA, Final selection of structures for submission was done based on the behavior of the models during the 200 ns trajectories: ...詳細: 30 conformers initially calculated were refined with 4 rounds of SA, Final selection of structures for submission was done based on the behavior of the models during the 200 ns trajectories: only models which stayed within 3 RMSD of the starting structures were selected.
NMR constraintsNOE constraints total: 475 / NOE intraresidue total count: 233 / NOE long range total count: 139 / NOE sequential total count: 103 / Hydrogen bond constraints total count: 22 / Protein phi angle constraints total count: 22
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: molecular dynamics / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum torsion angle constraint violation: 5.6 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.659 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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