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万見
- PDB-2mwg: Full-Length Solution Structure Of YtvA, a LOV-Photoreceptor Prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mwg
タイトルFull-Length Solution Structure Of YtvA, a LOV-Photoreceptor Protein and Regulator of Bacterial Stress Response
要素Blue-light photoreceptor
キーワードPROTEIN BINDING / Photoreceptor / LOV/PAS / Stressosome / Rsb
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity
類似検索 - 分子機能
: / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) ...: / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Blue-light photoreceptor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / monte-carlo simulated annealing using torsion angle dynamics, simulated annealing.
データ登録者Jurk, M. / Bardiaux, B. / Schmieder, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of YtvA from Bacillus subtilis Provides Insight into Activation Mechanism and Regulation of Bacterial Stress Response.
著者: Jurk, M. / Dorn, M. / Reichenwallner, J. / Bardiaux, B. / Hinderberger, D. / Schmieder, P.
履歴
登録2014年11月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Other
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blue-light photoreceptor
B: Blue-light photoreceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2094
ポリマ－58,2972
非ポリマー9132
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Blue-light photoreceptor / Photoactive flavo-yellow protein / Phototropin homolog


分子量: 29148.361 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: pfyP, ytvA, BSU30340 / プラスミド: pET30EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34627
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D (H)CCH-TOCSY
1223D 1H-13C NOESY aliphatic
1332D 1H-15N TROSY
1442D 1H-15N TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1500 uM [U-13C; U-15N; U-2H; {ILE, LEU, VAL 1H-Met}] YtvA, 500 uM [U-75% 13C; U-75% 15N; U-75% 2H] FMN, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
2500 uM [U-15N; U-2H; {ILE, LEU, VAL 1H-Met}] YtvA, 500 uM [U-75% 15N; U-75% 2H] FMN, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
3100 uM [U-15N; U-2H] YtvA, 100 uM [U-75% 15N; U-75% 2H] FMN, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 10 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
4100 uM [U-15N; U-2H] YtvA, 100 uM [U-75% 15N; U-75% 2H] FMN, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 4 % C12E5, 1.5 % Hexanol, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMYtvA-1[U-13C; U-15N; U-2H; {ILE, LEU, VAL 1H-Met}]1
500 uMFMN-2[U-75% 13C; U-75% 15N; U-75% 2H]1
20 mMpotassium phosphate-31
50 mMsodium chloride-41
0.1 %sodium azide-51
500 uMYtvA-6[U-15N; U-2H; {ILE, LEU, VAL 1H-Met}]2
500 uMFMN-7[U-75% 15N; U-75% 2H]2
20 mMpotassium phosphate-82
50 mMsodium chloride-92
0.1 %sodium azide-102
100 uMYtvA-11[U-15N; U-2H]3
100 uMFMN-12[U-75% 15N; U-75% 2H]3
20 mMpotassium phosphate-133
50 mMsodium chloride-143
0.1 %sodium azide-153
10 mg/mLPf1 phage-163
100 uMYtvA-17[U-15N; U-2H]4
100 uMFMN-18[U-75% 15N; U-75% 2H]4
20 mMpotassium phosphate-194
50 mMsodium chloride-204
0.1 %sodium azide-214
4 %C12E5-224
1.5 %Hexanol-234
試料状態イオン強度: 70 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinv2.1Bruker Biospincollection
TopSpinv2.1Bruker Biospin解析
CCPNv2.1.5CCPNchemical shift assignment
CCPNv2.1.5CCPNデータ解析
CCPNv2.1.5CCPNpeak picking
CS-ROSETTAv3.2Shen, Vernon, Baker and Bax構造決定
X-PLOR NIHv2.30Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHv2.30Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHv2.30Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
精密化手法: monte-carlo simulated annealing using torsion angle dynamics, simulated annealing.
ソフトェア番号: 1
詳細: OWING TO THE RELATIVELY LOW NUMBER OF RESTRAINTS TO DETERMINE THE STRUCTURE AB INITIO, STRUCTURES OF THE FOUR MAJOR SEGMENTS WERE CALCULATED USING CS-ROSETTA. 12,000 AND 2,000 STRUCTURES WERE ...詳細: OWING TO THE RELATIVELY LOW NUMBER OF RESTRAINTS TO DETERMINE THE STRUCTURE AB INITIO, STRUCTURES OF THE FOUR MAJOR SEGMENTS WERE CALCULATED USING CS-ROSETTA. 12,000 AND 2,000 STRUCTURES WERE CALCULATED FOR LOV OR STAS AND NCAP OR JA, RESPECTIVELY. THE LOWEST ENERGY STRUCTURE WAS FURTHER USED. THE STRUCTURES OF THE FOUR SEGMENTS OBTAINED BY CS-ROSETTA WERE REFINED AGAINST THE RDCS USING LOW TEMPERATURE SA. 100 STRUCTURES WERE CALCULATED AND THE CLOSEST TO AN AVERAGE OF THE 10 LOWEST ENERGY STRUCTURES WAS USED IN THE NEXT STEP. ALL FOUR SEGMENTS (NCAP, LOV, JA, STAS) WERE COMBINED TO A DIMERIC FULL-LENGTH STRUCTURE. THE YF1 STRUCTURE (PDB 4GCZ) WAS USED AS A TEMPLATE FOR THE ALIGNMENT OF LOV AND NCAP IN THE DIMER. ALL FOUR SEGMENTS WERE TREATED AS RIGID BODIES IN A HIGH TEMPERATURE SIMULATED ANNEALING. 100 STRUCTURES WERE CALCULATED AND THE CLOSEST TO AN AVERAGE OF THE LOWEST 10 WAS USED IN THE LAST REFINEMENT STEP. THE FINAL STRUCTURAL ENSEMBLE WAS OBTAINED USING THE SAME REFINEMENT PROTOCOLS AS IN STEP 2. 100 STRUCTURES WERE CALCULATED AND THE LOWEST 10 ARE SUBMITTED.
NMR constraintsNOE constraints total: 1192 / NOE intraresidue total count: 58 / NOE long range total count: 294 / NOE medium range total count: 380 / NOE sequential total count: 452 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 412 / Protein psi angle constraints total count: 402
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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