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- PDB-2mvz: Solution Structure for Cyclophilin A from Geobacillus Kaustophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mvz
タイトルSolution Structure for Cyclophilin A from Geobacillus Kaustophilus
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / Cyclophilin / Thermophile / PPIase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Holliday, M.J. / Isern, N.G. / Geoffrey, A.S. / Zhang, F. / Eisenmesser, E.Z.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structure and Dynamics of GeoCyp: A Thermophilic Cyclophilin with a Novel Substrate Binding Mechanism That Functions Efficiently at Low Temperatures.
著者: Holliday, M.J. / Camilloni, C. / Armstrong, G.S. / Isern, N.G. / Zhang, F. / Vendruscolo, M. / Eisenmesser, E.Z.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2014
タイトル: 1H, 13C, and 15N backbone and side chain resonance assignments of thermophilic Geobacillus kaustophilus cyclophilin-A.
著者: Holliday, M.J. / Zhang, F. / Isern, N.G. / Armstrong, G.S. / Eisenmesser, E.Z.
履歴
登録2014年10月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1361
ポリマ－16,1361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 16136.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
株: HTA426 / 遺伝子: GK2298 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5KXK3, peptidylprolyl isomerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC/HMQC
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-13C NOESY
1712D 1H-13C HSQC/HMQC
1813D 1H-15N TOCSY
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D HN(CA)CB
11113D 1H-13C NOESY
1121(HB)CB(CGCDCE)HE
11313D HNCO
11413D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GeoCyp, 1.0 mM DTT, 50 mM sodium phosphate, 93% H2O/7% D2O
溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMGeoCyp-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.0 mMDTT-21
50 mMsodium phosphate-31
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA9001
Varian INOVAVarianINOVA7202
Varian INOVAVarianINOVA6003
Varian INOVAVarianINOVA8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.1chemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.1peak picking
CcpNmr Analysis2.1構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloreデータ解析
CS-ROSETTAShen, Y. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1687 / NOE intraresidue total count: 387 / NOE long range total count: 487 / NOE medium range total count: 265 / NOE sequential total count: 548
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 146 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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