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万見
- PDB-2mvu: Solution Structure of the 3,7-dioxo-octyl Actinorhodin Acyl Carri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mvu
タイトルSolution Structure of the 3,7-dioxo-octyl Actinorhodin Acyl Carrier Protein from Streptomyces coelicolor
要素Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Actinorhodin (アクチノロージン) / ACP / biosynthetic intermediates / ligand recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / antibiotic biosynthetic process / acyl carrier activity / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SDO / Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dong, X. / Bailey, C. / Williams, C. / Crosby, J. / Simpson, T.J. / Willis, C.L. / Crump, M.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: ACP-ligand recognition: Selection of derivatized aromatic biosynthetic intermediates
著者: Dong, X. / Bailey, C. / Williams, C. / Crosby, J. / Simpson, T.J. / Willis, C.L. / Crump, M.P.
履歴
登録2014年10月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7222
ポリマ－9,2391
非ポリマー4831
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein / ACP / actI ORF3


分子量: 9239.177 Da / 分子数: 1 / 変異: C17S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145
遺伝子: Actinorhodin Acyl Carrier protein, SCBAC28G1.15, SCO5089
プラスミド: pET 11c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02054
#2: 化合物 ChemComp-SDO / N~3~-{(2S)-4-[(dihydroxyphosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-N-{2-[(3,7-dioxooctyl)sulfanyl]ethyl}-beta-alaninamide


分子量: 482.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H35N2O8PS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D C(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11013D H(CCO)NH

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試料調製

詳細内容: 1-2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMentity-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1-21
20 mMpotassium phosphate-21
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent Unity / 製造業者: Agilent / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMRJ4Variancollection
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
Analysis1.15CCPNchemical shift assignment
Analysis1.15CCPNデータ解析
Analysis1.15CCPNpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 20 LOWEST ENERGY STRUCTURES WERE FURTHER REFINED IN EXPLICIT WATER USING THE RECOORD PROTOCOL
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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