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万見
- PDB-2mux: SUMO2 non-covalently interacts with USP25 and downregulates its a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mux
タイトルSUMO2 non-covalently interacts with USP25 and downregulates its activity
要素Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 25
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of interleukin-17-mediated signaling pathway / ubiquitin-like protein peptidase activity / negative regulation of ERAD pathway / SUMO binding / deubiquitinase activity / protein K48-linked deubiquitination / protein K63-linked deubiquitination / negative regulation of response to oxidative stress / protein deubiquitination / ubiquitin binding ...negative regulation of interleukin-17-mediated signaling pathway / ubiquitin-like protein peptidase activity / negative regulation of ERAD pathway / SUMO binding / deubiquitinase activity / protein K48-linked deubiquitination / protein K63-linked deubiquitination / negative regulation of response to oxidative stress / protein deubiquitination / ubiquitin binding / regulation of protein stability / protein modification process / peptidase activity / ATPase binding / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Ub-specific processing proteases / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum / proteolysis / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin-specific protease UIM domain / : / UBA-like domain / : / Ubiquitin interaction motif / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site ...: / Ubiquitin-specific protease UIM domain / : / UBA-like domain / : / Ubiquitin interaction motif / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / UBA-like superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Shi, L. / Zhang, N. / Wen, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: SUMO2 non-covalently interacts with USP25 and downregulates its activity
著者: Shi, L. / Wen, Y. / Zhang, N.
履歴
登録2014年9月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3261
ポリマ－18,3261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 25 / Deubiquitinating enzyme 25 / USP on chromosome 21 / Ubiquitin thioesterase 25 / Ubiquitin-specific- ...Deubiquitinating enzyme 25 / USP on chromosome 21 / Ubiquitin thioesterase 25 / Ubiquitin-specific-processing protease 25


分子量: 18326.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP25, USP21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHP3, ubiquitinyl hydrolase 1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HN(CO)CA
1713D HCACO
1833D (H)CCH-TOCSY
1933D (H)CCH-COSY
11023D 1H-15N NOESY
11123D HBHA(CO)NH
11233D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] USP25, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-99% 15N] USP25, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.8 mM [U-99% 13C] USP25, 100 % D2O, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMUSP25-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
90 %H2O-21
10 %D2O-31
0.8 mMUSP25-4[U-99% 15N]2
90 %H2O-52
10 %D2O-62
0.8 mMUSP25-7[U-99% 13C]3
100 %D2O-83
試料状態イオン強度: 150 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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