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万見
- PDB-2mun: Solution structure of mu-SLPTX3-Ssm6a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mun
タイトルSolution structure of mu-SLPTX3-Ssm6a
要素Mu-scoloptoxin-Ssm6a
キーワードTOXIN / mu-SLPTX-Ssm6a / crustacean hyperglycemic hormone / ion channel inhibitor
機能・相同性Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 - #50 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Mu-scoloptoxin(03)-Ssm2a
機能・相同性情報
生物種Scolopendra mutilans (ムカデ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsHighest molprobity percentile, model1
データ登録者Undheim, E.A.B. / King, G.F. / Mobli, M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Weaponization of a Hormone: Convergent Recruitment of Hyperglycemic Hormone into the Venom of Arthropod Predators.
著者: Undheim, E.A. / Grimm, L.L. / Low, C.F. / Morgenstern, D. / Herzig, V. / Zobel-Thropp, P. / Pineda, S.S. / Habib, R. / Dziemborowicz, S. / Fry, B.G. / Nicholson, G.M. / Binford, G.J. / Mobli, M. / King, G.F.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Discovery of a selective NaV1.7 inhibitor from centipede venom with analgesic efficacy exceeding morphine in rodent pain models.
著者: Yang, S. / Xiao, Y. / Kang, D. / Liu, J. / Li, Y. / Undheim, E.A. / Klint, J.K. / Rong, M. / Lai, R. / King, G.F.
履歴
登録2014年9月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mu-scoloptoxin-Ssm6a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3331
ポリマ－5,3331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 30target function
代表モデルモデル #1highest molprobity percentile

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Mu-scoloptoxin-Ssm6a / Mu-SLPTX-Ssm6a


分子量: 5333.003 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 66-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scolopendra mutilans (ムカデ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0DL36
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1223D HBHA(CO)NH
1323D CBCA(CO)NH
1423D HNCO
1523D 1H-15N NOESY
1623D 1H-13C NOESY aliphatic
1723D 1H-13C NOESY aromatic
1823D 1H-15N TOCSY
1922D 1H-13C HSQC
11012D 1H-1H TOCSY
11112D 1H-1H NOESY
NMR実験の詳細Text: Mixing time 180 ms for all NOESY experiments. 3D backbone experiments acquired using NUS and processed using the maximum entropy method.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1400 uM [U-13C; U-15N] mu-SLPTX3-Ssm6a, 20 mM ammonium acetate, 5 % [U-99% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
2300 uM mu-SLPTX3-Ssm6a, 20 mM ammonium acetate, 5 % [U-99% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMmu-SLPTX3-Ssm6a-1[U-13C; U-15N]1
20 mMammonium acetate-21
5 %D2O-3[U-99% 2H]1
300 uMmu-SLPTX3-Ssm6a-42
20 mMammonium acetate-52
5 %D2O-6[U-99% 2H]2
試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
AnalysisCCPNpeak picking
AnalysisCCPNchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxchemical shift calculation
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
Rowland_NMR_ToolkitUniversity of Connecticut解析
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Using automated NOE assignment routine within CYANA.
NMR constraintsNOE constraints total: 1576 / NOE intraresidue total count: 788 / NOE long range total count: 128 / NOE medium range total count: 211 / NOE sequential total count: 449 / Disulfide bond constraints total count: 18 / Protein phi angle constraints total count: 41 / Protein psi angle constraints total count: 41
代表構造選択基準: highest molprobity percentile
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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