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- PDB-2muc: MUCONATE CYCLOISOMERASE VARIANT F329I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2muc
タイトルMUCONATE CYCLOISOMERASE VARIANT F329I
要素PROTEIN (MUCONATE CYCLOISOMERASE)
キーワードISOMERASE / MUCONATE CYCLOISOMERASE / SUBSTRATE SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


muconate cycloisomerase / chloromuconate cycloisomerase activity / muconate cycloisomerase activity / beta-ketoadipate pathway / amino acid catabolic process / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
Muconate/chloromuconate cycloisomerase / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...Muconate/chloromuconate cycloisomerase / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Muconate cycloisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Schell, U. / Helin, S. / Kajander, T. / Schlomann, M. / Goldman, A.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: Structural basis for the activity of two muconate cycloisomerase variants toward substituted muconates.
著者: Schell, U. / Helin, S. / Kajander, T. / Schlomann, M. / Goldman, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The Refined X-Ray Structure of Muconate Lactonizing Enzyme from Pseudomonas Putida Prs2000 at 1.85 A Resolution
著者: Helin, S. / Kahn, P.C. / Guha, B.L. / Mallows, D.G. / Goldman, A.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Chloromuconate Cycloisomerase from Alcaligenes Eutrophus Jmp134 (Pjp4) at 3 A Resolution
著者: Hoier, H. / Schloemann, M. / Hammer, A. / Glusker, J.P. / Carrell, H.L. / Goldman, A. / Stezowski, J.J. / Heinemann, U.
履歴
登録1998年10月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MUCONATE CYCLOISOMERASE)
B: PROTEIN (MUCONATE CYCLOISOMERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7524
ポリマ－80,6422
非ポリマー1102
水4,558253
1
A: PROTEIN (MUCONATE CYCLOISOMERASE)
B: PROTEIN (MUCONATE CYCLOISOMERASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (MUCONATE CYCLOISOMERASE)
B: PROTEIN (MUCONATE CYCLOISOMERASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (MUCONATE CYCLOISOMERASE)
B: PROTEIN (MUCONATE CYCLOISOMERASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (MUCONATE CYCLOISOMERASE)
B: PROTEIN (MUCONATE CYCLOISOMERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,00916
ポリマ－322,5698
非ポリマー4408
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area24640 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area90470 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)139.100, 139.100, 84.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.754163, 0.656679, 0.003275), (0.656674, -0.75417, 0.002403), (0.004048, 0.000338, -0.999992)
ベクター: 0.0319, -0.0058, -0.0878)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (MUCONATE CYCLOISOMERASE) / MUCONATE LACTONIZING ENZYME


分子量: 40321.156 Da / 分子数: 2 / 変異: F329I / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: PRS2000 / 参照: UniProt: P08310, muconate cycloisomerase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: double dialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMMES11
22 mM11MnCl2
350 mM11NaCl
40.02 %(w/v)11NaN3
57 mMbeta-mercaptoethanol11
68 mg/mlprotein11

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 120580 / % possible obs: 79.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1468 5.1 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.174 29000 83.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5445 0 2 253 5700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.36
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.621.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.762
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.52
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.72.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 179 4.9 %
Rwork0.202 3511 -
obs--63.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX_JPP.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPOLOGY.ELEMENTS
X-RAY DIFFRACTION3PARAMETER.ELEMENTSTOPH19.SOL_WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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