PDB-2mtz: Haddock model of Bacillus subtilis L,D-transpeptidase in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mtz

タイトル

Haddock model of Bacillus subtilis L,D-transpeptidase in complex with a peptidoglycan hexamuropeptide

要素

Putative L,D-transpeptidase YkuD
intact bacterial peptidoglycan

キーワード

TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN / Transpeptidase / Peptidoglycan Biosynthesis / TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

spore wall / 転移酵素 / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / glycosyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

個体NMR / simulated annealing

データ登録者

Schanda, P. / Triboulet, S. / Laguri, C. / Bougault, C. / Ayala, I. / Callon, M. / Arthur, M. / Simorre, J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Atomic model of a cell-wall cross-linking enzyme in complex with an intact bacterial peptidoglycan.
著者: Schanda, P. / Triboulet, S. / Laguri, C. / Bougault, C.M. / Ayala, I. / Callon, M. / Arthur, M. / Simorre, J.P.

履歴

登録	2014年9月2日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mtz.cif.gz	196.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mtz.ent.gz	160.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mtz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mtz_validation.pdf.gz	572 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mtz_full_validation.pdf.gz	657.3 KB	表示
XML形式データ	2mtz_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	2mtz_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/2mtz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/2mtz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zqd
類似構造データ	1ytw-d 7bi7-1 3bm8-d 5zt0-6 4l1y-d 4emb-3 3sij-d 2dds-4 1zjz-d 4zi4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18037NMR STRUCTURE OF THE IMIPENEM-ACYLATED L,D-TRANSPEPTIDASE FROM BACILLUS SUBTILIS BMRB: 25192

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative L,D-transpeptidase YkuD

B: intact bacterial peptidoglycan

C: intact bacterial peptidoglycan

D: intact bacterial peptidoglycan

E: intact bacterial peptidoglycan

F: intact bacterial peptidoglycan

G: intact bacterial peptidoglycan

ヘテロ分子

24.6 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	5 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質

Putative L,D-transpeptidase YkuD / Spore protein YkuD

分子量: 18960.732 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU14040, Y647_14120, ykuD / プラスミド: pET2818 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34816, 転移酵素

#2: タンパク質・ペプチド

intact bacterial peptidoglycan

分子量: 461.466 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Bacillus subtilis (枯草菌)

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2888.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4MurNAc1-4DGlcpNAcb1-4MurNAc1-4DGlcpNAcb1-4MurNAc1-4DGlcpNAcb1-4MurNAc1-4DGlcpNAcb1-4MurNAc1-4DGlcpNAcb1-4MurNAc1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,12,11/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O_3OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-1-2-1-2-1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1_h4-i1_i4-j1_j4-k1_k4-l1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

構成要素の詳細

THIS STRUCTURE CONTAINS A PEPTIDOGLYCAN LIGAND COMPOSED OF SIX TETRAPEPTIDES (CHAIN B, C, D, E, F, ...

-
実験

実験

手法: 個体NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	13C-13C DARR
1	2	1	hCANH
1	3	1	hNH
1	4	2	3D HNCA

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	2.5 mg/mL [U-13C; U-15N; U-2H] protein, 3 mg/mL peptide, 50 mM HEPES
2	376 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM HEPES

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
2.5 mg/mL	protein-1	[U-13C; U-15N; U-2H]	1
3 mg/mL	peptide-2		1
376 uM	protein-3	[U-99% 13C; U-99% 15N]	2

試料状態

イオン強度: 0.05 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Agilent vnmrs	Agilent	vnmrs	600	1
Bruker Avance III	Bruker	AVANCE III	1000	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
HADDOCK	2.1	Alexandre Bonvin	構造決定
HADDOCK	2.1	Alexandre Bonvin	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: HADDOCK STARTING STRUCTURE FOR CHAIN A IS PDB ENTRY 3ZQD. THE PEPTIDOGLYCAN LIGAND STARTING STRUCTURE WAS GENERATED BY CNS.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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