PDB-2mtd: Strcucture of Decorin Binding Protein A from strain PBr of Borrel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mtd

タイトル

Strcucture of Decorin Binding Protein A from strain PBr of Borrelia garinii

要素

Decorin binding protein A

キーワード

PROTEIN BINDING / adhesin / glycosaminoglycan-binding protein / lipoprotein

機能・相同性

: / Decorin-binding protein / Decorin-binding protein / Decorin-binding superfamily / Decorin binding protein / A middle domain of Talin 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Decorin binding protein A

機能・相同性情報

生物種

Borrelia garinii (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Wang, X. / Morgan, A.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Structural mechanisms underlying sequence-dependent variations in GAG affinities of decorin binding protein A, a Borrelia burgdorferi adhesin.
著者: Morgan, A.M. / Wang, X.

履歴

登録	2014年8月16日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月29日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mtd.cif.gz	502.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mtd.ent.gz	420.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mtd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/2mtd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/2mtd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mtcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1q48-d 1tjl-1 1ypo-3 1tjl-6 5swd-2 1tjl-7 1ypo-1 1tjl-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25157

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Decorin binding protein A

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Decorin binding protein A 分子量: 17899.670 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 55-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Borrelia garinii (バクテリア) / 株: PBr / 遺伝子: BGAPBR_A0025, dbp / プラスミド: pHUE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8F1J8

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-15N HSQC
1	3	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	4	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	3D CBCA(CO)NH
1	6	1	3D H(CCO)NH
1	7	1	3D C(CO)NH
1	8	1	3D 1H-13C NOESY
1	9	1	3D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PBr, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.8 mM	PBr-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
50 mM	sodium phosphate-2		1
150 mM	sodium chloride-3		1

試料状態

イオン強度: 0.2 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	データ解析
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

Protein phi angle constraints total count: 140 / Protein psi angle constraints total count: 140

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)