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- PDB-2mta: CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY ELECTRON TRANSFER COMPLEX BETWEEN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mta
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY ELECTRON TRANSFER COMPLEX BETWEEN METHYLAMINE DEHYDROGENASE, AMICYANIN AND A C-TYPE CYTOCHROME
要素
  • (METHYLAMINE DEHYDROGENASE ...) x 2
  • AMICYANIN
  • CYTOCHROME C551I
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methanol metabolic process / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding ...methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methanol metabolic process / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome cL / Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily ...Cytochrome cL / Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / Amicyanin/Pseudoazurin / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cupredoxins - blue copper proteins / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Cupredoxin / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HEME C / PHOSPHATE ION / Amicyanin / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Cytochrome c-L
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chen, L. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Structure of an electron transfer complex: methylamine dehydrogenase, amicyanin, and cytochrome c551i.
著者: Chen, L. / Durley, R.C. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure Analysis of Amicyanin and Apoamicyanin from Paraccus Denitrificans at 2.0 Angstroms and 1.8 Angstroms Resolution
著者: Durley, R. / Chen, L. / Lim, L.W. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Preliminary Crystal Structure Studies of a Ternary Electron Transfer Complex between a Quinoprotein, a Blue Copper Protein, and a C-Type Cytochrome
著者: Chen, L. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L. / Tegoni, M. / Rivetti, C. / Rossi, G.L.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of an Electron-Transfer Complex between Methylamine Dehydrogenase and Amicyanin
著者: Chen, L. / Durley, R. / Poliks, B.J. / Hamada, K. / Chen, Z. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L. / Satow, Y. / Huizinga, E. / Vellieux, F.M.D. / Hol, W.G.J.
#4: ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Quinoprotein Methylamine Dehydrogenase from Paracoccus Denitrificans Determined by Molecular Replacement at 2.8 Angstroms Resolution
著者: Chen, L. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L. / Huizinga, E.G. / Vellieux, F.M.D. / Hol, W.G.J.
履歴
登録1993年10月26日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年3月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT)
L: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)
A: AMICYANIN
C: CYTOCHROME C551I
H: PHOSPHATE ION
A: COPPER (II) ION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3497
ポリマ－82,5724
非ポリマー7773
水2,288127
1
H: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT)
L: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)
A: AMICYANIN
C: CYTOCHROME C551I
ヘテロ分子

H: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT)
L: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)
A: AMICYANIN
C: CYTOCHROME C551I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,69814
ポリマ－165,1448
非ポリマー1,5546
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.810, 68.850, 187.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO H 145
2: GLN C 146 - PRO C 147 OMEGA =145.73 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H--

PO4

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要素

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METHYLAMINE DEHYDROGENASE ... , 2種, 2分子 HL

#1: タンパク質 METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT)


分子量: 41063.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: P29894, EC: 1.4.99.3
#2: タンパク質 METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)


分子量: 13728.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: P22619, EC: 1.4.99.3

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#3: タンパク質 AMICYANIN


分子量: 11505.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: P22364
#4: タンパク質 CYTOCHROME C551I


分子量: 16274.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: P29899

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非ポリマー , 4種, 130分子 HA

#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#7: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THIS IS THE FIRST TERNARY COMPLEX COMPOSED OF THREE SEQUENTIAL PROTEINS IN AN ELECTRON TRANSFER ...THIS IS THE FIRST TERNARY COMPLEX COMPOSED OF THREE SEQUENTIAL PROTEINS IN AN ELECTRON TRANSFER CHAIN. SEVERAL HYPOTHETICAL ELECTRON TRANSFER PATHWAYS BETWEEN BOTH MADH-AMICYANIN AND AMICYANIN-CYTOCHROME WERE DISCUSSED IN THE PAPER CITED ON JRNL RECORDS ABOVE.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE REDOX COFACTOR TTQ OF MADH IS LOCATED ON EACH L SUBUNIT, WHICH IS COMPRISED OF THE SIDE CHAINS ...THE REDOX COFACTOR TTQ OF MADH IS LOCATED ON EACH L SUBUNIT, WHICH IS COMPRISED OF THE SIDE CHAINS OF TWO TRYPTOPHANS ON THE L SUBUNIT, LINKED BY A COVALENT BOND BETWEEN TWO INDOLE RINGS. ONE INDOLE RING HAS AN ORTHO-QUINONE STRUCTURE. THE STRUCTURE IS CALLED TRYPTOPHAN TRYPTOPHYLQUINONE (TTQ). THE TWO ADDITIONAL OXYGEN ATOMS OF THE INDOLE RING OF TRP L 57 ARE PRESENTED HETATM GROUP OWQ.
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: AT PRESENT, THE SEQUENCE DATABASES INDICATE THAT RESIDUE 299 OF THE HEAVY ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: AT PRESENT, THE SEQUENCE DATABASES INDICATE THAT RESIDUE 299 OF THE HEAVY CHAIN IS LEU AND RESIDUE 300 IS LEU. THE AUTHORS FOUND THAT THEY MISREAD THE GELS AND THAT RESIDUES 299 AND 300 SHOULD BE PHE AND VAL, RESPECTIVELY. IN THIS ENTRY RESIDUE 299 IS CORRECTLY PRESENTED AS PHE BUT RESIDUE 300 IS INCORRECTLY PRESENTED AS LEU.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.61 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.179 / Rfactor obs: 0.179 / 最高解像度: 2.4 Å
詳細: THE CURRENT MODEL CONTAINS AN AMICYANIN PORTION TRANSFORMED FROM THE MADH-AMICYANIN BINARY COMPLEX (CHEN ET AL., BIOCHEMISTRY, 1992), WHICH WAS NOT INCLUDED IN THE PHASE REFINEMENT. ONLY THE ...詳細: THE CURRENT MODEL CONTAINS AN AMICYANIN PORTION TRANSFORMED FROM THE MADH-AMICYANIN BINARY COMPLEX (CHEN ET AL., BIOCHEMISTRY, 1992), WHICH WAS NOT INCLUDED IN THE PHASE REFINEMENT. ONLY THE CA OF EACH RESIDUE AND THE COPPER ATOM ARE INCLUDED AT THIS STAGE. THE CYTOCHROME PORTION OF THE CURRENT MODEL IS SIMULATED FROM CYTOCHROME C551 DEPOSITED IN PROTEIN DATA BANK (MUTSUURA ET AL., J. MOL. BIOL. 1982). ONLY THE HEME GROUP WAS BUILT TO FIT THE ELECTRON DENSITY AND IS SUBMITTED.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5807 0 47 127 5981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.58
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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