PDB-2msq: Solution study of cBru9a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2msq

タイトル

Solution study of cBru9a

要素

Conotoxin cBru9a

キーワード

TOXIN / conotoxins / cyclic peptides / cyclization / cystine knot / drug design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Akcan, M. / Clark, R.J. / Daly, N.L. / Conibear, A.C. / de Faoite, A.C. / Heghinian, M.C. / Adams, D.J. / Mari, F. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: Biopolymers / 年: 2015
タイトル: Transforming conotoxins into cyclotides: Backbone cyclization of P-superfamily conotoxins.
著者: Akcan, M. / Clark, R.J. / Daly, N.L. / Conibear, A.C. / de Faoite, A. / Heghinian, M.D. / Sahil, T. / Adams, D.J. / Mari, F. / Craik, D.J.

履歴

登録	2014年8月5日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月9日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2msq.cif.gz	136.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2msq.ent.gz	103.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2msq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2msq_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2msq_full_validation.pdf.gz	576.4 KB	表示
XML形式データ	2msq_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	2msq_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/2msq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/2msq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2msoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2eri-d 1nbj-d 2kux-d 1tcj-d 1df6-d 2mg9-d 1vb8-d 1rpc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 25129

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conotoxin cBru9a

2.81 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Conotoxin cBru9a 分子量: 2809.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR
詳細: P-superfamily conotoxin Bru9a cyclised with a Gly-Leu-Pro linker

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.05-0.2 mM cBru9a, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	単位: mM / 構成要素: cBru9a-1 / Conc. range: 0.05-0.2
試料状態	圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: 10000 steps

NMR constraints

NOE constraints total: 217 / NOE intraresidue total count: 75 / NOE long range total count: 33 / NOE medium range total count: 18 / NOE sequential total count: 91 / Hydrogen bond constraints total count: 0 / Protein chi angle constraints total count: 7 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 25 / Protein psi angle constraints total count: 0

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)