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万見
- PDB-2mse: NMR data-driven model of GTPase KRas-GNP:ARafRBD complex tethered... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mse
タイトルNMR data-driven model of GTPase KRas-GNP:ARafRBD complex tethered to a lipid-bilayer nanodisc
要素
  • Apolipoprotein A-I
  • GTPase KRas
  • Serine/threonine-protein kinase A-Raf
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / K-Ras / Nanodisc / PRE / Docking / A-RafRBD
機能・相同性
機能・相同性情報


endocrine signaling / cellular response to lipoprotein particle stimulus / Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / Scavenging by Class B Receptors / HDL clearance / apolipoprotein receptor binding / spherical high-density lipoprotein particle / positive regulation of hydrolase activity / regulation of intestinal cholesterol absorption ...endocrine signaling / cellular response to lipoprotein particle stimulus / Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / Scavenging by Class B Receptors / HDL clearance / apolipoprotein receptor binding / spherical high-density lipoprotein particle / positive regulation of hydrolase activity / regulation of intestinal cholesterol absorption / negative regulation of response to cytokine stimulus / protein oxidation / vitamin transport / cholesterol import / high-density lipoprotein particle binding / HDL assembly / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / blood vessel endothelial cell migration / ABC transporters in lipid homeostasis / apolipoprotein A-I receptor binding / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / peptidyl-methionine modification / phosphatidylcholine biosynthetic process / glucocorticoid metabolic process / acylglycerol homeostasis / Chylomicron remodeling / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron assembly / positive regulation of cholesterol metabolic process / lipid storage / high-density lipoprotein particle clearance / chylomicron / phospholipid homeostasis / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid efflux / cholesterol transfer activity / chemorepellent activity / reverse cholesterol transport / high-density lipoprotein particle assembly / cholesterol transport / very-low-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle / lipoprotein biosynthetic process / positive regulation of CoA-transferase activity / high-density lipoprotein particle / regulation of Cdc42 protein signal transduction / triglyceride homeostasis / HDL remodeling / endothelial cell proliferation / forebrain astrocyte development / Scavenging by Class A Receptors / cholesterol efflux / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of epithelial cell differentiation / adrenal gland development / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative chemotaxis / cholesterol binding / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / cholesterol biosynthetic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / endocytic vesicle / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / glial cell proliferation / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Scavenging of heme from plasma / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / Signaling by CSF3 (G-CSF) / SHC-mediated cascade:FGFR1 / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Retinoid metabolism and transport / positive regulation of phagocytosis
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Raf-like Ras-binding domain / small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 ...Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Raf-like Ras-binding domain / small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-17F / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b / GTPase KRas / Apolipoprotein A-I / :
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mazhab-Jafari, M. / Stathopoulos, P. / Marshall, C. / Ikura, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Oncogenic and RASopathy-associated K-RAS mutations relieve membrane-dependent occlusion of the effector-binding site.
著者: Mazhab-Jafari, M.T. / Marshall, C.B. / Smith, M.J. / Gasmi-Seabrook, G.M. / Stathopulos, P.B. / Inagaki, F. / Kay, L.E. / Neel, B.G. / Ikura, M.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22019年12月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein A-I
C: Apolipoprotein A-I
B: GTPase KRas
D: Serine/threonine-protein kinase A-Raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,39386
ポリマ－75,8624
非ポリマー63,53182
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 3000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

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タンパク質 , 3種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Apolipoprotein A-I / ApoA-I / Apolipoprotein A1


分子量: 23234.295 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 68-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOA1 / プラスミド: pGBHPS MSP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02647
#2: タンパク質 GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 21260.250 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-185 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, UniProt: A0A024RAV5*PLUS
#3: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase A-Raf / Proto-oncogene A-Raf / Proto-oncogene A-Raf-1 / Proto-oncogene Pks


分子量: 8133.491 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-91 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARAF, ARAF1, PKS, PKS2 / プラスミド: pGEX-4TpGEX-4T22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P10398, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 4種, 82分子

#4: 化合物...
ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 787.121 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-17F / O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine / ジオレオイルホスファチジルセリン


分子量: 788.043 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H78NO10P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: This is a hybrid model generated by Haddock docking simulation that is based on i) NMR data that includes PRE-measurements between lipids (i.e. nanodisc) and the protien (i.e. K-RasGNP and A- ...詳細: This is a hybrid model generated by Haddock docking simulation that is based on i) NMR data that includes PRE-measurements between lipids (i.e. nanodisc) and the protien (i.e. K-RasGNP and A-RafRBD) ii) crystolagraphic information (K-RasGNP and A-RafRBD) and iii) theoretical computation (i.e. nanodisc).
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-13C HMQC
1222D 1H-13C HMQC
1332D 1H-13C HMQC
1442D 1H-13C HMQC
NMR実験の詳細Text: All PRE measurements were carrried out on the C-delta of Ile residues.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM U-15N, Ile C-delta-13C K-Ras-1, 0.6 mM membrane scaffold protein-2, 0.7 mM A-RafRBD-3, 100 mM sodium chloride-4, 5 mM Magnesium-5, 20 mM TRIS-6, 2 mM TCEP-7, 0.6 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-8, 18.75 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-9, 5 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-10, 1.25 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-11, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM K-Ras-12, 0.7 mM membrane scaffold protein-13, 0.6 mM U-15N, Ile C-delta-13C A-RafRBD-14, 5 mM Magnesium-15, 20 mM TRIS-16, 100 mM sodium chloride-17, 2 mM TCEP-18, 0.7 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-19, 18.75 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-20, 5 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-21, 1.25 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-22, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6 mM U-15N, Ile C-delta-13C K-Ras-23, 0.7 mM A-RafRBD-24, 0.6 mM membrane scaffold protein-25, 20 mM TRIS-26, 100 mM sodium chloride-27, 5 mM Magnesium-28, 2 mM TCEP-29, 0.6 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-30, 18.75 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-31, 5 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-32, 1.25 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-33, 0.65 mM 1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-diethylenetriaminepentaacetic acid (gadolinium salt)-34, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.7 mM K-Ras-35, 0.6 mM U-15N, Ile C-delta-13C A-RafRBD-36, 0.7 mM membrane scaffold protein-37, 20 mM TRIS-38, 100 mM sodium chloride-39, 5 mM Magnesium-40, 2 mM TCEP-41, 0.7 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-42, 18.75 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-43, 5 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-44, 1.25 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-45, 0.65 mM 1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-diethylenetriaminepentaacetic acid (gadolinium salt)-46, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMK-Ras-1U-15N, Ile C-delta-13C1
0.6 mMmembrane scaffold protein-21
0.7 mMA-RafRBD-31
100 mMsodium chloride-41
5 mMMagnesium-51
20 mMTRIS-61
2 mMTCEP-71
0.6 mMPHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-81
18.75 mM1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-91
5 mM1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-101
1.25 mM1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-111
0.7 mMK-Ras-122
0.7 mMmembrane scaffold protein-132
0.6 mMA-RafRBD-14U-15N, Ile C-delta-13C2
5 mMMagnesium-152
20 mMTRIS-162
100 mMsodium chloride-172
2 mMTCEP-182
0.7 mMPHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-192
18.75 mM1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-202
5 mM1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-212
1.25 mM1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-222
0.6 mMK-Ras-23U-15N, Ile C-delta-13C3
0.7 mMA-RafRBD-243
0.6 mMmembrane scaffold protein-253
20 mMTRIS-263
100 mMsodium chloride-273
5 mMMagnesium-283
2 mMTCEP-293
0.6 mMPHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-303
18.75 mM1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-313
5 mM1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-323
1.25 mM1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-333
0.65 mM1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-diethylenetriaminepentaacetic acid (gadolinium salt)-343
0.7 mMK-Ras-354
0.6 mMA-RafRBD-36U-15N, Ile C-delta-13C4
0.7 mMmembrane scaffold protein-374
20 mMTRIS-384
100 mMsodium chloride-394
5 mMMagnesium-404
2 mMTCEP-414
0.7 mMPHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-424
18.75 mM1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-434
5 mM1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-444
1.25 mM1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-454
0.65 mM1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-diethylenetriaminepentaacetic acid (gadolinium salt)-464
試料状態イオン強度: 0.105 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
CHARMM-GUICHARMM-GUI (S. Jo, T. Kim, V.G. Iyer, and W. Im)構造決定
HADDOCKAlexandre Bonvin構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 3000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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