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万見
- PDB-6pts: NMR data-driven model of KRas-GMPPNP:RBD-CRD complex tethered to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pts
タイトルNMR data-driven model of KRas-GMPPNP:RBD-CRD complex tethered to a nanodisc (state A)
要素
  • Apolipoprotein A-I
  • GTPase KRas
  • RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein-protein-bilayer complex / small GTPase / RAS-RAF-nanodisc complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / HDL clearance / spherical high-density lipoprotein particle / positive regulation of hydrolase activity / Scavenging by Class B Receptors / negative regulation of response to cytokine stimulus / protein oxidation / regulation of intestinal cholesterol absorption / vitamin transport ...Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / HDL clearance / spherical high-density lipoprotein particle / positive regulation of hydrolase activity / Scavenging by Class B Receptors / negative regulation of response to cytokine stimulus / protein oxidation / regulation of intestinal cholesterol absorption / vitamin transport / death-inducing signaling complex assembly / cholesterol import / high-density lipoprotein particle binding / blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / ABC transporters in lipid homeostasis / apolipoprotein A-I receptor binding / negative regulation of cytokine production involved in immune response / apolipoprotein receptor binding / negative regulation of cell adhesion molecule production / HDL assembly / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / peptidyl-methionine modification / intermediate filament cytoskeleton organization / phosphatidylcholine biosynthetic process / acylglycerol homeostasis / glucocorticoid metabolic process / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron remodeling / positive regulation of cholesterol metabolic process / cellular response to lipoprotein particle stimulus / Chylomicron assembly / high-density lipoprotein particle clearance / high-density lipoprotein particle remodeling / chylomicron / phospholipid efflux / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / phospholipid homeostasis / reverse cholesterol transport / chemorepellent activity / high-density lipoprotein particle assembly / lipid storage / : / low-density lipoprotein particle / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / Rap1 signalling / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / regulation of cell motility / regulation of Cdc42 protein signal transduction / triglyceride homeostasis / endothelial cell proliferation / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / HDL remodeling / cholesterol efflux / Scavenging by Class A Receptors / forebrain astrocyte development / Negative feedback regulation of MAPK pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative chemotaxis / adrenal gland development / cholesterol binding / GP1b-IX-V activation signalling / IFNG signaling activates MAPKs / negative regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of Rho protein signal transduction / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / cholesterol biosynthetic process / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Rac protein signal transduction / face development / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / pseudopodium / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / thyroid gland development / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / MAP kinase kinase kinase activity / endocytic vesicle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SOS-mediated signalling / positive regulation of cholesterol efflux / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / SHC1 events in ERBB4 signaling
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) ...Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Roll / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-17F / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / GTPase KRas / Apolipoprotein A-I / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Fang, Z. / Lee, K. / Gasmi-Seabrook, G. / Ikura, M. / Marshall, C.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Multivalent assembly of KRAS with the RAS-binding and cysteine-rich domains of CRAF on the membrane.
著者: Fang, Z. / Lee, K.Y. / Huo, K.G. / Gasmi-Seabrook, G. / Zheng, L. / Moghal, N. / Tsao, M.S. / Ikura, M. / Marshall, C.B.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein A-I
C: Apolipoprotein A-I
B: GTPase KRas
D: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,20588
ポリマ－82,5434
非ポリマー63,66284
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, gel filtration, cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 3000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

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タンパク質 , 3種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Apolipoprotein A-I / Membrane Scaffold Protein / ApoA-I / Apolipoprotein A1


分子量: 23080.129 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 68-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02647
#2: タンパク質 GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 21116.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116
#3: タンパク質 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 15266.923 Da / 分子数: 1 / 断片: RBD-CRD (UNP residues 56-187) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAF1, RAF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04049

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非ポリマー , 5種, 84分子

#4: 化合物...
ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 787.121 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-17F / O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine / ジオレオイルホスファチジルセリン


分子量: 788.043 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H78NO10P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HMQC
122isotropic12D 1H-13C HMQC
132isotropic12D 1H-15N TROSY
143isotropic12D 1H-13C HMQC
153isotropic12D 1H-15N TROSY
164isotropic12D 1H-13C HMQC
174isotropic12D 1H-15N TROSY
285isotropic13D 5N edited NOESY
196isotropic13D HN(CA)CB
1106isotropic13D CBCA(CO)NH
1116isotropic13D HNCA
1126isotropic13D HN(CO)CA
1166isotropic13D HNCO
1156isotropic13D HN(CA)CO
1147isotropic13D HN(CA)CB
1137isotropic13D CBCA(CO)NH
1227isotropic13D HNCA
1217isotropic13D HN(CO)CA
1207isotropic13D HNCO
1197isotropic13D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution10.2 mM U-2H; U-15N; Ile Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C KRAS, 0.2 mM U-12C, 14N, 1H RBD-CRD, 0.4 mM U-12C, 14N, 1H MSP, 90% H2O/10% D2OKRAS:RBD-CRD on nanodiscs90% H2O/10% D2O
solution20.2 mM U-12C, 14N, 1H KRAS, 0.2 mM U-2H; U-15N; Ile Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C RBD-CRD, 0.4 mM U-12C, 14N, 1H MSP, 90% H2O/10% D2ORBD-CRD:KRAS on nanodiscs90% H2O/10% D2O
solution30.2 mM U-12C, 14N, 1H KRAS, 0.2 mM U-2H; U-15N; Ile Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C RBD-CRD, 90% H2O/10% D2ORBD-CRD:KRAS Q43C TEMPO90% H2O/10% D2OKRAS Q43C is crosslinked to spin label TEMPO.
solution40.2 mM U-12C, 14N, 1H KRAS, 0.2 mM U-2H; U-15N; Ile Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C RBD-CRD, 90% H2O/10% D2ORBD-CRD:KRAS N-term C TEMPO90% H2O/10% D2OKRAS N-terminal Cys is crosslinked to spin label TEMPO.
solution50.5 mM U-15N; Ile C-delta-13C, Met methyl-13C KRAS, 0.5 mM Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C, RBD-CRD, 90% H2O/10% D2OKRAS:RBD-CRD NOE90% H2O/10% D2O
solution60.5 mM [U-99% 15N]; [U-13C]; RBD, 90% H2O/10% D2ORBD 3D assignment90% H2O/10% D2O
solution70.3 mM [U-99% 15N]; [U-13C]; CRD, 90% H2O/10% D2OCRD 3D assignment90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMKRASU-2H; U-15N; Ile Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C1
0.2 mMRBD-CRDU-12C, 14N, 1H1
0.4 mMMSPU-12C, 14N, 1H1
0.2 mMKRASU-12C, 14N, 1H2
0.2 mMRBD-CRDU-2H; U-15N; Ile Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C2
0.4 mMMSPU-12C, 14N, 1H2
0.2 mMKRASU-12C, 14N, 1H3
0.2 mMRBD-CRDU-2H; U-15N; Ile Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C3
0.2 mMKRASU-12C, 14N, 1H4
0.2 mMRBD-CRDU-2H; U-15N; Ile Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C4
0.5 mMKRASU-15N; Ile C-delta-13C, Met methyl-13C5
0.5 mMRBD-CRDLeu C-delta-13C, Val C-gamma-13C,5
0.5 mMRBD[U-99% 15N]; [U-13C];6
0.3 mMCRD[U-99% 15N]; [U-13C];7
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1Conditions used in most of experiments450 mMDefault condition5.51 atm298 K
2150 mMNOE condition5.51 atm308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
HADDOCKBonvinstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 3000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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