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万見
- PDB-2ms8: Solution NMR structure of MAVS CARD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ms8
タイトルSolution NMR structure of MAVS CARD
要素Mitochondrial antiviral-signaling protein
キーワードPROTEIN BINDING / MAVS CARD
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of IP-10 production / regulation of peroxisome organization / RIG-I binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / CARD domain binding / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / protein localization to mitochondrion / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...positive regulation of IP-10 production / regulation of peroxisome organization / RIG-I binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / CARD domain binding / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / protein localization to mitochondrion / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / peroxisomal membrane / cellular response to exogenous dsRNA / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / activation of innate immune response / ubiquitin ligase complex / antiviral innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / molecular condensate scaffold activity / mitochondrial membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ovarian tumor domain proteases / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / mitochondrial outer membrane / molecular adaptor activity / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / innate immune response / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
IPS1, CARD domain / : / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial antiviral-signaling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Spehr, J. / He, L. / Luehrs, T. / Ritter, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure determination of helical filaments by solid-state NMR spectroscopy.
著者: He, L. / Bardiaux, B. / Ahmed, M. / Spehr, J. / Konig, R. / Lunsdorf, H. / Rand, U. / Luhrs, T. / Ritter, C.
履歴
登録2014年7月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial antiviral-signaling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8171
ポリマ－11,8171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial antiviral-signaling protein / MAVS / CARD adapter inducing interferon beta / Cardif / Interferon beta promoter stimulator protein ...MAVS / CARD adapter inducing interferon beta / Cardif / Interferon beta promoter stimulator protein 1 / IPS-1 / Putative NF-kappa-B-activating protein 031N / Virus-induced-signaling adapter / VISA


分子量: 11817.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAVS, IPS1, KIAA1271, VISA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z434

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aromatic
1312D 1H-13C HSQC aliphatic
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CO)CA
1713D HN(CA)CB
1813D 1H-15N TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY aliphatic
11113D 1H-13C NOESY aromatic
11213D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] MAVS CARD-1, 93% H2O/7% D2O
溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料濃度: 300 uM / 構成要素: MAVS CARD-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 50 / pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
PROSAGuntert解析
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospincollection
UNIO_102.0.2Thorsten Herrmannstructure calculation
CNS1.2精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ATNOSHerrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
CANDID2Herrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1098
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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