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万見
- PDB-2ms3: The NMR structure of the rubredoxin domain of the NO Reductase Fl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ms3
タイトルThe NMR structure of the rubredoxin domain of the NO Reductase Flavorubredoxin from Escherichia coli
要素Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / rubredoxin / flavorubredoxin / nitric oxide reductase / nitric oxide / NorV
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide reductase activity / nitric oxide catabolic process / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / response to nitric oxide / FMN binding / electron transfer activity / iron ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Single Sheet / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Turner, D.L. / Silva, E. / Lamosa, P.M. / Teixeira, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The NMR structure of the rubredoxin domain of the NO Reductase Flavorubredoxin from Escherichia coli
著者: Turner, D.L. / Silva, E. / Lamosa, P.M. / Teixeira, M.
履歴
登録2014年7月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3572
ポリマ－6,2921
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / FlRd / FlavoRb


分子量: 6292.064 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 423-479 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
解説: The growth medium was enriched with Zn chloride and 15N-labeled ammonium sulfate
遺伝子: norV, flrD, ygaI, ygaJ, ygaK, b2710, JW2680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q46877
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1412D 1H-15N HSQC
1513D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1.1 mM [U-99% 15N] rubredoxin domain of the NO Reductase Flavorubredoxin-1, 100 mM sodium chloride-2, 10 mM potassium phosphate-3, 0.04 % sodium azide-4, 90 % H2O-5, 10 % D2O-6, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMrubredoxin domain of the NO Reductase Flavorubredoxin-1[U-99% 15N]1
100 mMsodium chloride-21
10 mMpotassium phosphate-31
0.04 %sodium azide-41
90 %H2O-51
10 %D2O-61
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 7.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
Sparky3.111Goddardchemical shift calculation
Sparky3.111Goddardデータ解析
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich構造決定
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE intraresidue total count: 614 / NOE long range total count: 1197 / NOE medium range total count: 539 / NOE sequential total count: 568
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.51 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.46 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.07 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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