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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ms2 | ||||||||||||
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タイトル | THE REFINED STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE MS2 AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||||||||
要素 | BACTERIOPHAGE MS2 COAT PROTEIN | ||||||||||||
キーワード | VIRUS / BACTERIOPHAGE COAT PROTEIN / Icosahedral virus | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Enterobacterio phage MS2 (ファージ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Valegard, K. / Liljas, L. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: The refined structure of bacteriophage MS2 at 2.8 A resolution. 著者: Golmohammadi, R. / Valegard, K. / Fridborg, K. / Liljas, L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1991 タイトル: Structure Determination of the Bacteriophage MS2 著者: Valegard, K. / Liljas, L. / Fridborg, K. / Unge, T. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1990 タイトル: The Three-Dimensional Structure of the Bacterial Virus MS2 著者: Valegard, K. / Liljas, L. / Fridborg, K. / Unge, T. #3: ジャーナル: Semin.Virol. / 年: 1990 タイトル: The Structure of Bacteriophage MS2 著者: Liljas, L. / Valegard, K. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986 タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Data of the Bacteriophage MS2 著者: Valegard, K. / Unge, T. / Montelius, I. / Strandberg, B. / Fiers, W. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ms2.cif.gz | 86.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ms2.ent.gz | 67 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ms2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ms2_validation.pdf.gz | 379.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ms2_full_validation.pdf.gz | 388.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ms2_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ms2_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/2ms2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/2ms2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60|||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
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3 |
| x 5|||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6|||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
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6 |
| x 10|||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE PRO B 78 IS A CIS-PROLINE, WHILE THE CORRESPONDING PROLINES IN THE A AND C CHAINS ARE TRANS-PROLINES. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13738.464 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacterio phage MS2 (ファージ) 属: Levivirus / 生物種: Enterobacteria phage MS2 / 参照: UniProt: P03612 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS 温度: 37 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | Num. obs: 216313 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 2.9 |