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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mrm | ||||||
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タイトル | Solution structure of the rhodanese domain of YgaP from E. coli | ||||||
要素 | Membrane protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / rhodanese domain / YgaP / E. coli / Integral Membrane Protein | ||||||
機能・相同性 | Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Wang, W. / Zhou, P. / Tian, C. / Wu, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014 タイトル: Fast conformational exchange between the sulfur-free and persulfide-bound rhodanese domain of E. coli YgaP 著者: Wang, W. / Zhou, P. / He, Y. / Yu, L. / Xiong, Y. / Tian, C. / Wu, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mrm.cif.gz | 329.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mrm.ent.gz | 269.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mrm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2mrm_validation.pdf.gz | 405.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2mrm_full_validation.pdf.gz | 507.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2mrm_validation.xml.gz | 29.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2mrm_validation.cif.gz | 40.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/2mrm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/2mrm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12620.390 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-107 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BU34_15760, CF57_07085, CF61_07785 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: W8T678 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.05 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 700 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 1875 / NOE intraresidue total count: 345 / NOE long range total count: 519 / NOE medium range total count: 459 / NOE sequential total count: 552 / Protein phi angle constraints total count: 63 / Protein psi angle constraints total count: 63 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1 |