PDB-2mqf: NMR structure of spider toxin-TRTX-Hhn2b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mqf

タイトル

NMR structure of spider toxin-TRTX-Hhn2b

要素

Mu-theraphotoxin-Hhn2b

キーワード

TOXIN / Spider toxin / Voltage gated ion channel / NaV1.7

機能・相同性

Huwentoxin-1 family signature. / Huwentoxin, conserved site-1 / Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Mu-theraphotoxin-Hhn2b 3

機能・相同性情報

生物種

Haplopelma hainanum (クモ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Klint, J.K. / Chin, Y.K.Y. / Mobli, M.

引用

ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2015
タイトル: Rational Engineering Defines a Molecular Switch That Is Essential for Activity of Spider-Venom Peptides against the Analgesics Target NaV1.7
著者: Klint, J.K. / Chin, Y.K. / Mobli, M.

履歴

登録	2014年6月19日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月23日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mqf.cif.gz	223.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mqf.ent.gz	193.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mqf_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mqf_full_validation.pdf.gz	556 KB	表示
XML形式データ	2mqf_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	2mqf_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/2mqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/2mqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mxoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2mxo-d 1nix-d 1qjk-d 1paa-d 1ryg-d 2m50-d 1zfo-d 2cti-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25031

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mu-theraphotoxin-Hhn2b

3.69 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 30	Low Molprobity score
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Mu-theraphotoxin-Hhn2b / Mu-TRTX-Hhn2b / Hainantoxin-1.3 / Hainantoxin-I.3 / HnTx-I.3 / Peptide F5-19.03 分子量: 3691.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haplopelma hainanum (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D2Y1X8

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	6	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D HBHA(CO)NH
1	9	1	4D HCC(CO)NH

NMR実験の詳細

Text: All non-NOESY, 3D/4D data acquired using NUS and processed using MaxEnt

-
試料調製

詳細

内容: 300 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Hhn2b-1, 20 mM sodium acetate-2, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
300 mM	Hhn2b-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
20 mM	sodium acetate-2		1

試料状態

イオン強度: 20 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CcpNmr Analysis	2.2	CCPN	chemical shift assignment
TopSpin	3.2	Bruker Biospin	collection
TopSpin	3.2	Bruker Biospin	解析
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 446 / NOE intraresidue total count: 125 / NOE long range total count: 137 / NOE medium range total count: 60 / NOE sequential total count: 124 / Disulfide bond constraints total count: 18 / Protein phi angle constraints total count: 28 / Protein psi angle constraints total count: 28

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: Low Molprobity score / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å / 代表コンフォーマー: 1

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