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- PDB-2mpe: Solution NMR structure for B. pseudomallei BPSL1050 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mpe
タイトルSolution NMR structure for B. pseudomallei BPSL1050
要素BPSL1050
キーワードUNKNOWN FUNCTION / MELIOIDOSIS
機能・相同性Domain of unknown function DUF5594 / Domain of unknown function (DUF5594) / DUF5594 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailsminimized average structure, model5
Model type detailsminimized average
データ登録者Gaudesi, D. / Musco, G. / Quilici, G.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure-Based Design of a B Cell Antigen from B. pseudomallei.
著者: Gaudesi, D. / Peri, C. / Quilici, G. / Gori, A. / Ferrer-Navarro, M. / Conchillo-Sole, O. / Thomas, R. / Nithichanon, A. / Lertmemongkolchai, G. / Titball, R. / Daura, X. / Colombo, G. / Musco, G.
履歴
登録2014年5月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BPSL1050


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2611
ポリマ－14,2611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 BPSL1050


分子量: 14261.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: K96243 / 遺伝子: BPSL1050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63W39

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
2222D 1H-1H NOESY
3333D 1H-15N NOESY
4443D 1H-13C NOESY
353HN-N Residual dipolar coupling

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM BPSL1050, 20 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 150 mM [U-100% 2H] DSS, 100% D2O100% D2O
20.7 mM BPSL1050, 20 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 150 mM [U-100% 2H] DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.7 mM [U-99% 15N] BPSL1050, 20 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 150 mM [U-100% 2H] DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] BPSL1050, 20 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 150 mM [U-100% 2H] DSS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMBPSL1050-11
20 mMpotassium phosphate-21
150 mMsodium chloride-31
2 mMDTT-41
150 mMDSS-5[U-100% 2H]1
0.7 mMBPSL1050-62
20 mMpotassium phosphate-72
150 mMsodium chloride-82
2 mMDTT-92
150 mMDSS-10[U-100% 2H]2
0.7 mMBPSL1050-11[U-99% 15N]3
20 mMpotassium phosphate-123
150 mMsodium chloride-133
2 mMDTT-143
150 mMDSS-15[U-100% 2H]3
0.7 mMBPSL1050-16[U-99% 13C; U-99% 15N]4
20 mMpotassium phosphate-174
150 mMsodium chloride-184
2 mMDTT-194
150 mMDSS-20[U-100% 2H]4
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.156.8ambient 298 K
20.156.8ambient 298 K
30.156.8ambient 298 K
40.156.8ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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