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万見
- PDB-2mp9: Solution structure of an potent antifungal peptide Cm-p5 derived ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mp9
タイトルSolution structure of an potent antifungal peptide Cm-p5 derived from C. muricatus
要素Antifungal peptide
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / helical peptide / antimicrobial
機能・相同性defense response to fungus / killing of cells of another organism / Antifungal peptide
機能・相同性情報
生物種Cenchritis muricatus (無脊椎動物)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Sun, Z.J. / Heffron, G. / Mcbeth, C. / Wagner, G. / Otero-Gonzales, A.J. / Starnbach, M.N.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2015
タイトル: Cm-p5: an antifungal hydrophilic peptide derived from the coastal mollusk Cenchritis muricatus (Gastropoda: Littorinidae).
著者: Lopez-Abarrategui, C. / McBeth, C. / Mandal, S.M. / Sun, Z.J. / Heffron, G. / Alba-Menendez, A. / Migliolo, L. / Reyes-Acosta, O. / Garcia-Villarino, M. / Nolasco, D.O. / Falcao, R. / ...著者: Lopez-Abarrategui, C. / McBeth, C. / Mandal, S.M. / Sun, Z.J. / Heffron, G. / Alba-Menendez, A. / Migliolo, L. / Reyes-Acosta, O. / Garcia-Villarino, M. / Nolasco, D.O. / Falcao, R. / Cherobim, M.D. / Dias, S.C. / Brandt, W. / Wessjohann, L. / Starnbach, M. / Franco, O.L. / Otero-Gonzalez, A.J.
履歴
登録2014年5月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifungal peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4861
ポリマ－1,4861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Antifungal peptide / Cm-p1


分子量: 1485.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cenchritis muricatus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: B3EWI7
Has protein modificationY
配列の詳細TWO C-TERMINAL RESIDUES LF WAS APPENDED TO THE NATURAL SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure of an potent antifungal peptide Cm-p5 derived from C. muricatus determined in 40% TFE
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-15N HSQC
1412D 1H-13C HSQC
NMR実験の詳細Text: natural abundance heteronuclear HSQC

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試料調製

詳細内容: 4 mM Cm-p5, 40 % TFE, trifluoroethanol/water / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
4 mMCm-p5-11
40 %TFE-21
試料状態圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent DD2 / 製造業者: Agilent / モデル: DD2 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 131 / NOE intraresidue total count: 67 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 22 / NOE sequential total count: 42
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.25 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0597 Å / Distance rms dev error: 0.0006 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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