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万見
- PDB-2mp1: Solution structure of the human chemokine CCL19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mp1
タイトルSolution structure of the human chemokine CCL19
要素C-C motif chemokine 19
キーワードSIGNALING PROTEIN / chemokines / chemokine receptors / CCL19 / CCL21 / CCR7
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of dendritic cell dendrite assembly / myeloid dendritic cell chemotaxis / CCR7 chemokine receptor binding / mature conventional dendritic cell differentiation / CCR10 chemokine receptor binding / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / response to prostaglandin E / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / establishment of T cell polarity / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process ...positive regulation of dendritic cell dendrite assembly / myeloid dendritic cell chemotaxis / CCR7 chemokine receptor binding / mature conventional dendritic cell differentiation / CCR10 chemokine receptor binding / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / response to prostaglandin E / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / establishment of T cell polarity / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / chemokine receptor binding / regulation of cell projection assembly / immunological synapse formation / CCR chemokine receptor binding / cell communication / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of cell motility / chemokine activity / dendritic cell chemotaxis / response to nitric oxide / positive regulation of endocytosis / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / positive regulation of protein kinase activity / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of T cell proliferation / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of JUN kinase activity / cell maturation / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-12 production / neutrophil chemotaxis / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of JNK cascade / response to virus / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 19
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT, AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Veldkamp, C.T. / Peterson, F.C. / Gabel-Eissens, S.J. / Gillitzer, M.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Solution Structure of CCL19 and Identification of Overlapping CCR7 and PSGL-1 Binding Sites.
著者: Veldkamp, C.T. / Kiermaier, E. / Gabel-Eissens, S.J. / Gillitzer, M.L. / Lippner, D.R. / DiSilvio, F.A. / Mueller, C.J. / Wantuch, P.L. / Chaffee, G.R. / Famiglietti, M.W. / Zgoba, D.M. / ...著者: Veldkamp, C.T. / Kiermaier, E. / Gabel-Eissens, S.J. / Gillitzer, M.L. / Lippner, D.R. / DiSilvio, F.A. / Mueller, C.J. / Wantuch, P.L. / Chaffee, G.R. / Famiglietti, M.W. / Zgoba, D.M. / Bailey, A.A. / Bah, Y. / Engebretson, S.J. / Graupner, D.R. / Lackner, E.R. / LaRosa, V.D. / Medeiros, T. / Olson, M.L. / Phillips, A.J. / Pyles, H. / Richard, A.M. / Schoeller, S.J. / Touzeau, B. / Williams, L.G. / Sixt, M. / Peterson, F.C.
履歴
登録2014年5月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8141
ポリマ－8,8141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 19 / Beta-chemokine exodus-3 / CK beta-11 / Epstein-Barr virus-induced molecule 1 ligand chemokine / ...Beta-chemokine exodus-3 / CK beta-11 / Epstein-Barr virus-induced molecule 1 ligand chemokine / EBI1 ligand chemokine / ELC / Macrophage inflammatory protein 3 beta / MIP-3-beta / Small-inducible cytokine A19


分子量: 8814.282 Da / 分子数: 1 / 断片: CCL19 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL19, ELC, MIP3B, SCYA19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99731

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1313D 13C-separated NOESY (AROMATIC)

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試料調製

詳細内容: .515 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Human Chemokine CCL19, 10 % [U-99% 2H] D2O, 25 mM [U-100% 2H] dueterated MES, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
.515 mMHuman Chemokine CCL19-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 %D2O-2[U-99% 2H]1
25 mMdueterated MES-3[U-100% 2H]1
試料状態イオン強度: 6 mM / pH: 5.6 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH2.9.3SCHWIETERS,C.D.,KUSZEWSKI,J.J.,TJANDRA,N.,CLORE,G.M.精密化
TopSpin3.1Brukercollection
NMRPipe2007Delagio,F. et al.解析
XEASY1.3Eccles, C., Guntert, P., Billeter, M., Wuthrich, K.データ解析
GARANT2.1C. Bartelsデータ解析
CARA1.8.4Keller, R.データ解析
CYANA3.1Guntert, P.精密化
精密化手法: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT, AUTOMATED METHODS WERE ...手法: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT, AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT
ソフトェア番号: 1
詳細: CCL19 STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2481 NOE CONSTRAINTS ( 1559 INTRA, 398 SEQUENTIAL, 171 MEDIUM, 353 LONG RANGE) AND 85 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS., CCL19 STRUCTURES ARE ...詳細: CCL19 STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2481 NOE CONSTRAINTS ( 1559 INTRA, 398 SEQUENTIAL, 171 MEDIUM, 353 LONG RANGE) AND 85 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS., CCL19 STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2481 NOE CONSTRAINTS ( 1559 INTRA, 398 SEQUENTIAL, 171 MEDIUM, 353 LONG RANGE) AND 85 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS.
NMR constraintsNOE constraints total: 2481 / NOE intraresidue total count: 1559 / NOE long range total count: 353 / NOE medium range total count: 171 / NOE sequential total count: 398
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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