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万見
- PDB-2mox: solution structure of tandem SH3 domain of Sorbin and SH3 domain-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mox
タイトルsolution structure of tandem SH3 domain of Sorbin and SH3 domain-containing protein 1
要素Sorbin and SH3 domain-containing protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / focal adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-substrate junction / zonula adherens / flotillin complex / focal adhesion assembly / stress fiber assembly / cell-substrate adhesion / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of lipid biosynthetic process ...cell-substrate junction / zonula adherens / flotillin complex / focal adhesion assembly / stress fiber assembly / cell-substrate adhesion / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of lipid biosynthetic process / stress fiber / cytoskeletal protein binding / cell-matrix adhesion / positive regulation of D-glucose import / adherens junction / positive regulation of protein localization to plasma membrane / insulin receptor binding / nuclear matrix / cellular response to insulin stimulus / insulin receptor signaling pathway / signaling receptor complex adaptor activity / actin binding / membrane raft / focal adhesion / centrosome / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
c-Cbl associated protein, SH3 domain / c-Cbl associated protein, SH3 domain 1 / c-Cbl associated protein, SH3 domain 2 / SoHo domain / Sorbin homologous domain / SoHo domain profile. / Sorbin homologous domain / : / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain ...c-Cbl associated protein, SH3 domain / c-Cbl associated protein, SH3 domain 1 / c-Cbl associated protein, SH3 domain 2 / SoHo domain / Sorbin homologous domain / SoHo domain profile. / Sorbin homologous domain / : / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sorbin and SH3 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / na
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Zhao, D. / Wang, C. / Zhang, J. / Wu, J. / Shi, Y. / Zhang, Z. / Gong, Q.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural investigation of the interaction between the tandem SH3 domains of c-Cbl-associated protein and vinculin
著者: Zhao, D. / Wang, X. / Peng, J. / Wang, C. / Li, F. / Sun, Q. / Zhang, Y. / Zhang, J. / Cai, G. / Zuo, X. / Wu, J. / Shi, Y. / Zhang, Z. / Gong, Q.
履歴
登録2014年5月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorbin and SH3 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6631
ポリマ－16,6631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sorbin and SH3 domain-containing protein 1 / Ponsin / SH3 domain protein 5 / SH3P12 / c-Cbl-associated protein / CAP


分子量: 16663.074 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 791-930 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SORBS1, KIAA0894, KIAA1296, SH3D5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BX66

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D CBCA(CO)NH
1323D HNCO
1423D CBCA(CO)NH
1523D HBHA(CO)NH
1623D HN(CO)CA
1723D H(CCO)NH
1833D 1H-15N NOESY
1933D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150 mM sodium phosphate-1, 0.5 mM [U-100% 15N] protein-2, 1 mM EDTA-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
250 mM sodium phosphate-4, 1 mM EDTA-5, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
350 mM sodium phosphate-7, 1 mM EDTA-8, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-9, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium phosphate-11
0.5 mMprotein-2[U-100% 15N]1
1 mMEDTA-31
50 mMsodium phosphate-42
1 mMEDTA-52
0.5 mMprotein-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMsodium phosphate-73
1 mMEDTA-83
0.5 mMprotein-9[U-100% 13C; U-100% 15N]3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
SparkyGoddardデータ解析
CNS精密化
精密化手法: na / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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