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- PDB-2mof: Structural insights of TM domain of LAMP-2A in DPC micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mof
タイトルStructural insights of TM domain of LAMP-2A in DPC micelles
要素Lysosome-associated membrane glycoprotein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperone-mediated autophagy translocation complex / platelet dense granule membrane / lysosomal protein catabolic process / protein targeting to lysosome involved in chaperone-mediated autophagy / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / lysosomal lumen acidification / protein import / azurophil granule membrane / muscle cell cellular homeostasis / ion channel inhibitor activity ...chaperone-mediated autophagy translocation complex / platelet dense granule membrane / lysosomal protein catabolic process / protein targeting to lysosome involved in chaperone-mediated autophagy / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / lysosomal lumen acidification / protein import / azurophil granule membrane / muscle cell cellular homeostasis / ion channel inhibitor activity / chaperone-mediated autophagy / autolysosome / autophagosome membrane / ficolin-1-rich granule membrane / autophagosome maturation / negative regulation of protein-containing complex assembly / protein targeting / signaling adaptor activity / lysosomal lumen / cellular response to starvation / trans-Golgi network / protein catabolic process / regulation of protein stability / phagocytic vesicle membrane / Chaperone Mediated Autophagy / late endosome membrane / late endosome / Platelet degranulation / lysosome / protein stabilization / protein domain specific binding / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lysosome-associated membrane glycoprotein, conserved site / : / Lysosome-associated membrane glycoprotein 2, transmembrane segment / Lysosome-associated membrane glycoproteins duplicated domain signature. / LAMP glycoproteins transmembrane and cytoplasmic domain signature. / Lysosome-associated membrane glycoprotein / : / Lysosome-associated membrane glycoprotein 2-like, luminal domains / Lysosome-associated membrane glycoprotein family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysosome-associated membrane glycoprotein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Tjandra, N. / Rout, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of Transmembrane Domain of Lysosome-associated Membrane Protein Type 2a (LAMP-2A) Reveals Key Features for Substrate Specificity in Chaperone-mediated Autophagy.
著者: Rout, A.K. / Strub, M.P. / Piszczek, G. / Tjandra, N.
履歴
登録2014年4月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysosome-associated membrane glycoprotein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4841
ポリマ－4,4841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Lysosome-associated membrane glycoprotein 2 / LAMP-2 / Lysosome-associated membrane protein 2 / CD107 antigen-like family member B


分子量: 4484.159 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 369-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13473

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNCO
1323D HNCA
1423D HN(CO)CA
1523D CBCA(CO)NH
1623D HN(CA)CB
1713D 1H-15N NOESY
1834D (H)CCH NOESY
1933D 13C Filter NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-99% 15N] TM domain of LAMP2A, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TM domain of LAMP2A, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TM domain of LAMP2A, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMTM domain of LAMP2A-1[U-99% 15N]1
0.6 mMTM domain of LAMP2A-2[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.6 mMTM domain of LAMP2A-3[U-99% 13C; U-99% 15N]3
試料状態イオン強度: 25 / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PIPPGarrettデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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