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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mnd | ||||||||||||||||||||||
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タイトル | Recognition complex of DNA d(CGACGCGTCG)2 with thiazotropsin B | ||||||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / THIAZOTROPSINS / DNA RECOGNITION / ISOTHERMAL TITRATION CALORIMETRY NMR / SELF-ASSEMBLY / MINOR GROOVE BINDER | 機能・相同性 | thiazotropsin B / DNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | Model details | minimized average structure, model 1 | Model type details | minimized average | データ登録者 | Alniss, H.Y. / Salvia, M.-V. / Sadikov, M. / Golovchenko, I. / Anthony, N.G. / Khalaf, A.I. / Mackay, S.P. / Suckling, C.J. / Parkinson, J.A. | 引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014 | タイトル: Recognition of the DNA minor groove by thiazotropsin analogues. 著者: Alniss, H.Y. / Salvia, M.V. / Sadikov, M. / Golovchenko, I. / Anthony, N.G. / Khalaf, A.I. / MacKay, S.P. / Suckling, C.J. / Parkinson, J.A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mnd.cif.gz | 29.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mnd.ent.gz | 17.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mnd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2mnd_validation.pdf.gz | 479.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2mnd_full_validation.pdf.gz | 510.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2mnd_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2mnd_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/2mnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/2mnd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 2 mM Thiazotropsin B, 2 mM 5'-D(*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*TP*CP*G)-3', 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | |||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.05 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 740 / NOE intraresidue total count: 318 / NOE sequential total count: 141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |