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万見
- PDB-2mna: The structural basis of DNA binding by the single-stranded DNA-bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mna
タイトルThe structural basis of DNA binding by the single-stranded DNA-binding protein from Sulfolobus solfataricus
要素
  • Single-stranded DNA binding protein (SSB)
  • ssDNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA repair / SSB / Sulfolobus solfataricus / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to ionizing radiation / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Single-stranded DNA binding protein Ssb-like, OB fold / : / OB-fold nucleic acid binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Single-stranded DNA binding protein Ssb
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Gamsjaeger, R. / Kariawasam, R. / Gimenez, A.X. / Touma, C.F. / McIlwain, E. / Bernardo, R.E. / Shepherd, N.E. / Ataide, S.F. / Dong, A.Q. / Richard, D.J. ...Gamsjaeger, R. / Kariawasam, R. / Gimenez, A.X. / Touma, C.F. / McIlwain, E. / Bernardo, R.E. / Shepherd, N.E. / Ataide, S.F. / Dong, A.Q. / Richard, D.J. / White, M.F. / Cubeddu, L.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: The structural basis of DNA binding by the single-stranded DNA-binding protein from Sulfolobus solfataricus
著者: Gamsjaeger, R. / Kariawasam, R. / Gimenez, A.X. / Touma, C. / McIlwain, E. / Bernardo, R.E. / Shepherd, N.E. / Ataide, S.F. / Dong, Q. / Richard, D.J. / White, M.F. / Cubeddu, L.
履歴
登録2014年4月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ssDNA
A: Single-stranded DNA binding protein (SSB)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5602
ポリマ－14,5602
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 ssDNA


分子量: 1780.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Single-stranded DNA binding protein (SSB)


分子量: 12779.369 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-114 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: SSB, SSO2364 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97W73

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2112D 1H-15N HSQC
2212D 1H-13C HSQC
2313D HCC(CO)NH-TOCSY
2413D (H)CCH-TOCSY
2512D 15N13C filtered NOESY
2613D 1H-15N NOESY
2713D 1H-13C NOESY aliphatic
2813D 1H-13C NOESY aromatic
2913D 15N13C filtered (F1) NOESY aliphatic
21013D 15N13C filtered (F1) NOESY aromatic
11112D 1H-15N HSQC
11212D 1H-13C HSQC
11313D CBCA(CO)NH
11413D HNCO
11513D HN(CA)CB
11613D HCC(CO)NH-TOCSY
11713D CC(CO)NH-TOCSY
11813D HN(CA)CO
11913D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 0.8-1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SsoSSB-1, 90 % H2O-2, 10 % D2O-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMSsoSSB-1[U-100% 13C; U-100% 15N]0.8-1.51
90 %H2O-21
10 %D2O-31

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称分類
ARIA精密化
HADDOCK精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, torsion angle dynamics, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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