PDB-2mm5: solution structure of alpha-amylase inhibitor peptide aS4 from Al...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mm5

タイトル

solution structure of alpha-amylase inhibitor peptide aS4 from Allatide scholaris

要素

Alpha amylase Alstotide S4

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR

機能・相同性

Alpha amylase Alstotide S4

機能・相同性情報

生物種

Alstonia scholaris (植物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

fewest violations, model1

データ登録者

Wang, S. / Nguyen, Q. / Tam, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: solution structure of alpha-amylase inhibitor peptide aS4 from Allatide scholaris
著者: Wang, S. / Nguyen, Q. / Tam, J.

履歴

登録	2014年3月10日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software ...pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mm5.cif.gz	108.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mm5.ent.gz	89.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/2mm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/2mm5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mm6
類似構造データ	1hhu-2 1ixt-d 2iwj-d 2mfp-d 1j5l-d 2mn1-d 2mm6-d 6vjq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19846

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha amylase Alstotide S4

3.33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	11 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha amylase Alstotide S4 分子量: 3325.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: plants / 由来: (天然) Alstonia scholaris (植物) / 参照: UniProt: A0A0S0ZR47
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 1 mM aS4-1, 95 % H2O-2, 5 % D2O-3, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
1 mM	aS4-1	1
95 %	H2O-2	1
5 %	D2O-3	1

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 3.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	collection
NMRDraw	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	データ解析
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRspy	Zheng Yu, Xu Yingqi and Yang Daiwen	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
MOLMOL	Koradi, Billeter and Wuthrich	geometry optimization
ProcheckNMR	Laskowski and MacArthur	geometry optimization

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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