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万見
- PDB-2mkp: N domain of cardiac troponin C bound to the switch fragment of fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mkp
タイトルN domain of cardiac troponin C bound to the switch fragment of fast skeletal troponin I at pH 6
要素
  • Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
  • Troponin I, fast skeletal muscle
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / troponin C / troponin I / EF-hand / Calcium binding / Ischemia
機能・相同性
機能・相同性情報


relaxation of skeletal muscle / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac Troponin complex / troponin complex / transition between fast and slow fiber / regulation of muscle contraction / Striated Muscle Contraction ...relaxation of skeletal muscle / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac Troponin complex / troponin complex / transition between fast and slow fiber / regulation of muscle contraction / Striated Muscle Contraction / response to metal ion / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / troponin I binding / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / actin binding / calcium ion binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / EF-hand domain pair / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. ...: / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / EF-hand domain pair / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Troponin I, fast skeletal muscle / Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Robertson, I.M. / Pineda-Sanabria, S.E. / Holmes, P.C. / Sykes, B.D.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2014
タイトル: Conformation of the critical pH sensitive region of troponin depends upon a single residue in troponin I.
著者: Robertson, I.M. / Pineda-Sanabria, S.E. / Holmes, P.C. / Sykes, B.D.
履歴
登録2014年2月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
I: Troponin I, fast skeletal muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9733
ポリマ－11,9332
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles / TN-C


分子量: 10070.304 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNC1, TNNC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63316
#2: タンパク質・ペプチド Troponin I, fast skeletal muscle / Troponin I / fast-twitch isoform


分子量: 1862.289 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 116-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48788
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D H(CCO)NH
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY aliphatic
1912D 1H-1H NOESY
11012D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細内容: 0.2-0.3 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] cNTnC, 2-2.5 mM sTnI(115-131), 0.25 mM DSS, 100 mM potassium chloride, 10 mM imidazole, 10 mM Calcium, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMcNTnC-1[U-95% 13C; U-95% 15N]0.2-0.31
mMsTnI(115-131)-22-2.51
0.25 mMDSS-31
100 mMpotassium chloride-41
10 mMimidazole-51
10 mMCalcium-61
試料状態イオン強度: 0.12 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityVarianUNITY6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
PSVSBhattacharya and Montelione精密化
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: semi-rigid simulated annealing. sTnI was docked onto cNTnC. cNTnC backbone was kept rigid and side chain's were allowed to rotate.
NMR constraintsNOE constraints total: 274 / NOE intraresidue total count: 99 / NOE long range total count: 54 / NOE medium range total count: 56 / NOE sequential total count: 65 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 6 / Protein psi angle constraints total count: 7
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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