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万見
- PDB-2mk9: Spatial structure of the dimeric transmembrane domain of Toll-lik... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mk9
タイトルSpatial structure of the dimeric transmembrane domain of Toll-like receptor 3
要素Toll-like receptor 3TLR3
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / transmembrane domain (膜貫通型ドメイン) / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


TLR3 deficiency - HSE / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / I-kappaB phosphorylation ...TLR3 deficiency - HSE / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / I-kappaB phosphorylation / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / detection of virus / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / endolysosome membrane / hyperosmotic response / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of macrophage cytokine production / RSV-host interactions / pattern recognition receptor activity / Toll様受容体 / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of interferon-alpha production / cellular response to interferon-beta / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / 細胞外マトリックス / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / transmembrane signaling receptor activity / male gonad development / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / positive regulation of type II interferon production / cellular response to xenobiotic stimulus / signaling receptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / エンドソーム / endosome membrane / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / lysosomal membrane / ゴルジ体 / 自然免疫系 / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll様受容体 / ロイシンリッチリピート / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / TIR domain profile. ...Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll様受容体 / ロイシンリッチリピート / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Mineev, K.S. / Goncharuk, S.A. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: Toll-like receptor 3 transmembrane domain is able to perform various homotypic interactions: An NMR structural study.
著者: Mineev, K.S. / Goncharuk, S.A. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2014年2月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 3
B: Toll-like receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1802
ポリマ－8,1802
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Toll-like receptor 3 / TLR3


分子量: 4089.947 Da / 分子数: 2 / 断片: transmembrane domain (UNP residues 698-730) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR3 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: cell-free synthesis (未定義) / 参照: UniProt: O15455

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HNCO
1413D HN(CO)CA
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY aliphatic
1813D (H)CCH-COSY
19113C/15N-filtered NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.8 mM Toll-like receptor 3, 1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Toll-like receptor 3, 20 mM potassium phosphate, 1 mM sodium azide, 200 mM [U-99% 2H] DPC, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMToll-like receptor 3-11
1.2 mMToll-like receptor 3-2[U-98% 13C; U-98% 15N]1
20 mMpotassium phosphate-31
1 mMsodium azide-41
200 mMDPC-5[U-99% 2H]1
試料状態イオン強度: 20 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Bruker Biospincollection
CARA1.8.5Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.5Keller and Wuthrichデータ解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
qMDD2.1Orekhov, Mayzel解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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