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- PDB-2mjf: Solution structure of the complex between the yeast Rsa1 and Hit1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mjf
タイトルSolution structure of the complex between the yeast Rsa1 and Hit1 proteins
要素
  • Protein HIT1
  • Ribosome assembly 1 protein
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


snoRNA localization / pre-snoRNP complex / box C/D snoRNP assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit assembly / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
de novo design (two linked rop proteins) - #260 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1790 / Hit1, C-terminal / Hit1 C-terminal / FMR1-interacting protein 1, conserved domain / FMR1-interacting protein 1 (NUFIP1) / HIT zinc finger / Zinc finger HIT-type profile. / Zinc finger, HIT-type / de novo design (two linked rop proteins) ...de novo design (two linked rop proteins) - #260 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1790 / Hit1, C-terminal / Hit1 C-terminal / FMR1-interacting protein 1, conserved domain / FMR1-interacting protein 1 (NUFIP1) / HIT zinc finger / Zinc finger HIT-type profile. / Zinc finger, HIT-type / de novo design (two linked rop proteins) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein HIT1 / Ribosome assembly 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Quinternet, M. / Roth, B. / Back, R. / Jacquemin, C. / Manival, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Protein Hit1, a novel box C/D snoRNP assembly factor, controls cellular concentration of the scaffolding protein Rsa1 by direct interaction.
著者: Rothe, B. / Saliou, J.M. / Quinternet, M. / Back, R. / Tiotiu, D. / Jacquemin, C. / Loegler, C. / Schlotter, F. / Pena, V. / Eckert, K. / Morera, S. / Dorsselaer, A.V. / Branlant, C. / ...著者: Rothe, B. / Saliou, J.M. / Quinternet, M. / Back, R. / Tiotiu, D. / Jacquemin, C. / Loegler, C. / Schlotter, F. / Pena, V. / Eckert, K. / Morera, S. / Dorsselaer, A.V. / Branlant, C. / Massenet, S. / Sanglier-Cianferani, S. / Manival, X. / Charpentier, B.
履歴
登録2014年1月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome assembly 1 protein
B: Protein HIT1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4632
ポリマ－15,4632
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Ribosome assembly 1 protein


分子量: 4543.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RSA1, YPL193W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08932
#2: タンパク質 Protein HIT1


分子量: 10920.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HIT1, YJR055W, J1705 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46973

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D HN(CA)CO
1913D HNHA
11013D HNHB
11113D (H)CCH-COSY
11213D (H)CCH-TOCSY
11313D C(CO)NH
11413D 1H-15N NOESY
11513D 1H-13C NOESY aliphatic
11613D 1H-13C NOESY aromatic
11713D 1H-15N NOESY
11813D 1H-13C NOESY aliphatic
11913D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] rsa, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] hit, 150 mM sodium chloride, 90 % H2O, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMrsa-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMhit-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
150 mMsodium chloride-31
90 %H2O-41
10 %D2O-5[U-100% 2H]1
試料状態イオン強度: 150 / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Bruker Biospincollection
TopSpin3Bruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrich構造決定
CARAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CARAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrich構造決定
CARAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CARAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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