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万見
- PDB-2mj5: Structure of the UBA Domain of Human NBR1 in Complex with Ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mj5
タイトルStructure of the UBA Domain of Human NBR1 in Complex with Ubiquitin
要素
  • Next to BRCA1 gene 1 protein
  • Polyubiquitin-C
キーワードPROTEIN BINDING / autophagy / protein degradation / ubiquitin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of bone mineralization / M band / phagophore assembly site / mitogen-activated protein kinase binding / peroxisomal membrane / regulation of stress-activated MAPK cascade / autophagosome / negative regulation of osteoblast differentiation / Maturation of protein E / Maturation of protein E ...regulation of bone mineralization / M band / phagophore assembly site / mitogen-activated protein kinase binding / peroxisomal membrane / regulation of stress-activated MAPK cascade / autophagosome / negative regulation of osteoblast differentiation / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of pyruvate metabolism / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of PTEN localization / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of BACH1 activity / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by REV1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by POLK / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / ubiquitin binding / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of NF-kappa B signaling / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Degradation of DVL / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of signaling by CBL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / macroautophagy / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Fanconi Anemia Pathway / Hh mutants are degraded by ERAD / Negative regulation of FGFR3 signaling / Degradation of AXIN / Peroxisomal protein import / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Degradation of GLI1 by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Regulation of TNFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity
類似検索 - 分子機能
NBR1, PB1 domain / Next to BRCA1, central domain / Ig-like domain from next to BRCA1 gene / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain profile. / PB1 domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. ...NBR1, PB1 domain / Next to BRCA1, central domain / Ig-like domain from next to BRCA1 gene / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain profile. / PB1 domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / Next to BRCA1 gene 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Walinda, E. / Morimoto, D. / Sugase, K. / Komatsu, M. / Tochio, H. / Shirakawa, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Solution structure of the ubiquitin-associated (UBA) domain of human autophagy receptor NBR1 and its interaction with ubiquitin and polyubiquitin.
著者: Walinda, E. / Morimoto, D. / Sugase, K. / Konuma, T. / Tochio, H. / Shirakawa, M.
履歴
登録2013年12月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyubiquitin-C
B: Next to BRCA1 gene 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4962
ポリマ－14,4962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 199structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Polyubiquitin-C


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residuses 1-76 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CG48
#2: タンパク質 Next to BRCA1 gene 1 protein / Cell migration-inducing gene 19 protein / Membrane component chromosome 17 surface marker 2 / ...Cell migration-inducing gene 19 protein / Membrane component chromosome 17 surface marker 2 / Neighbor of BRCA1 gene 1 protein / Protein 1A1-3B


分子量: 5918.783 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 916-959 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NBR1, 1A13B, KIAA0049, M17S2, MIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14596

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure of the UBA Domain of Human NBR1 in Complex with Ubiquitin
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D C(CO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-13C NOESY aliphatic
11113D 1H-13C NOESY aromatic
11213D 1H-15N NOESY
11332D 1H-15N HSQC IPAP
11412D 1H-15N HSQC IPAP

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM potassium phosphate-1, 5 mM potassium chloride-2, 1 mM EDTA-3, 1 mM benzamidine-4, 1 mM DTT-5, 0.02 % sodium azide-6, 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-7, 95 % H2O-8, 5 % D2O-9, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
220 mM potassium phosphate-10, 5 mM potassium chloride-11, 1 mM EDTA-12, 1 mM benzamidine-13, 1 mM DTT-14, 0.02 % sodium azide-15, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-16, 12.5 mg/mL Pf1 phage-17, 150 mM sodium chloride-18, 95 % H2O-19, 5 % D2O-20, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1_UBA-21, 2 mM Ubiquitin-22, 12.5 mg/mL Pf1 phage-23, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
320 mM potassium phosphate-24, 5 mM potassium chloride-25, 1 mM EDTA-26, 1 mM benzamidine-27, 1 mM DTT-28, 0.02 % sodium azide-29, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-30, 12.5 mg/mL Pf1 phage-31, 150 mM sodium chloride-32, 95 % H2O-33, 5 % D2O-34, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1_UBA-35, 2 mM Ubiquitin-36, 12.5 mg/mL Pf1 phage-37, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
42 mM NBR1_UBA-38, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-39, 12.5 mg/mL Pf1 phage-40, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
51 mM [U-100% 15N] NBR1_UBA-41, 4.5 mM Ubiquitin-42, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMpotassium phosphate-11
5 mMpotassium chloride-21
1 mMEDTA-31
1 mMbenzamidine-41
1 mMDTT-51
0.02 %sodium azide-61
1.2 mMNBR1 residues 913-959-7[U-100% 13C; U-100% 15N]1
95 %H2O-81
5 %D2O-91
20 mMpotassium phosphate-102
5 mMpotassium chloride-112
1 mMEDTA-122
1 mMbenzamidine-132
1 mMDTT-142
0.02 %sodium azide-152
0.5 mMNBR1 residues 913-959-16[U-100% 13C; U-100% 15N]2
12.5 mg/mLPf1 phage-172
150 mMsodium chloride-182
95 %H2O-192
5 %D2O-202
0.5 mMNBR1_UBA-21[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2 mMUbiquitin-222
12.5 mg/mLPf1 phage-232
20 mMpotassium phosphate-243
5 mMpotassium chloride-253
1 mMEDTA-263
1 mMbenzamidine-273
1 mMDTT-283
0.02 %sodium azide-293
0.5 mMNBR1 residues 913-959-30[U-100% 13C; U-100% 15N]3
12.5 mg/mLPf1 phage-313
150 mMsodium chloride-323
95 %H2O-333
5 %D2O-343
0.5 mMNBR1_UBA-35[U-100% 13C; U-100% 15N]3
2 mMUbiquitin-363
12.5 mg/mLPf1 phage-373
2 mMNBR1_UBA-384
0.5 mMUbiquitin-39[U-100% 13C; U-100% 15N]4
12.5 mg/mLPf1 phage-404
1 mMNBR1_UBA-41[U-100% 15N]5
4.5 mMUbiquitin-425
試料状態pH: 6.6 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospincollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MAGRODr. Naohiro Kobayashichemical shift assignment
HADDOCK精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 199 / 登録したコンフォーマーの数: 1 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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