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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2min | |||||||||
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タイトル | NITROGENASE MOFE PROTEIN FROM AZOTOBACTER VINELANDII, OXIDIZED STATE | |||||||||
![]() | (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON ...) x 2 | |||||||||
![]() | NITROGEN FIXATION / NITROGEN METABOLISM / OXIDOREDUCTASE / MOLYBDOENZYMES / BIOLOGICAL NITROGEN FIXATION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Peters, J.W. / Stowell, M.H.B. / Soltis, S.M. / Day, M.W. / Kim, J. / Rees, D.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Redox-dependent structural changes in the nitrogenase P-cluster. 著者: Peters, J.W. / Stowell, M.H. / Soltis, S.M. / Finnegan, M.G. / Johnson, M.K. / Rees, D.C. #1: ![]() タイトル: Crystallographic Structure and Functional Implications of the Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein from Azotobacter Vinelandii 著者: Kim, J. / Rees, D.C. #2: ![]() タイトル: Structural Models for the Metal Centers in the Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein 著者: Kim, J. / Rees, D.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 415.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 331 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 507.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-NITROGENASE MOLYBDENUM IRON ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 55231.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 59404.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 635分子 








#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED USING PRECIPITATING SOLUTION OF 30% PEG 4000, 0.2M NA2MO4, 0.1M TRIS PH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: PLATINUM MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→30 Å / Num. obs: 125947 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 83.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 563832 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.03→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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